获得预后模型(Signature)之后呢?

预后(Prognosis、outcomes)是指根据病人当前状况来推估未来经过治疗后可能的结果。在pubmed中搜一个“Prognosis”,可以发现近十年来相关文献发表量在五位数以上,18、19年更是有超过12w篇以上,目前21年已出炉2.2w篇,显然,临床预后相关研究持续保持着高热度。

老粉知道,临床生信之家目前有两种预后模型建立工具,一是基因集预后(signature)和列线图预后。前者Signature主要是基于多个基因,lasso cox回归建立的预测模型;后者列线图除了包括基因的因素,还可以包含临床信息比如年龄,分期,吸烟等。

比如这里根据m6A甲基化相关基因构建预后模型,那这里首先选择要分析的肿瘤样本,然后在基因列表中输入m6A相关基因(如果基因比较多可以先通过批量生存分析结果保留预后相关的基因作为目标),再选择想要构建的预后模型如OS或PFS,最后点击plot,稍作等待即可得到一个结果,如下图。

那么获得以上的signature后,接下来该怎么弄呢?

其实很多,比如:

  1. 拿这个signature对样本按risksore高低进行分组,然后找和免疫评分的相关性。

  2. risksore和其他任何评分的相关性。

  3. 也可以把risksore当做一个变量,放到列线图中。

    .....

以上功能,目前平台还不行,但将很快实现!

这样的思路,在2-5分的文献里比比皆是哦

为”生信0代码”而生!

临床生信之家 www.aclbi.com

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