生信宝典文章集锦，一篇搞定生信
生信的作用越来越大，想学的人越来越多，不管是为了以后发展，还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情，也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作，却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作，但不懂得背后的原理，不知道什么参数需要修改，结果可以出来，却把我不住对还是错。
学习生信从来就不是一个简单的事，需要做好持久战的心理准备。
在学习时，我们都希望由浅入深的逐步深入，不断地练习和实践，这就是为什么我们需要一本书，因为书很系统。但生信发展的历史短于计算机编程的历史，如果想要一门程序设计的入门数据，每种语言都可以找到几本。但想要一个囊括生信的书，就有些难了。本身生信跨领域，需要多学科的知识，而其内部又有不少分子，都囊括了太大，包括的少又有些隔靴搔痒的感觉。
我们当时都是零基础下自学Linux, 自学Python，自学R，自学高通量测序；这些学习经历，之前都零星地记录在博客里。现在回头去看几年前自己记录的东西，觉得好简单，而当时却费了很大的力气。这些零星的随手记，当时也只是为了自己看，到现在确实只有自己能看得懂，不便惠及更多的人。
因此我们创建了生信宝典，希望从不同的角度传播知识。这个不同有三点含义，一是形式上的不同，摒弃之前主编们单人作战想写啥就写啥，而是有组织有计划的内容聚合，提供一系列的教程，由入门到提高。二是内容的不同，不去用网上现有教程的通用数据做例子，而是拿实际生物数据，讲述如何解释生信中普遍碰到的问题，讲述如何处理自己的数据。三是立足点不同。在写作时，我们回到了当年，在回忆中用整个阶段的学习去指导当初的那个小白，从那些会了的人觉得微不足道而不会的人又迈不过的坎入手，直击痛点。知识点的收录依据不是是否炫酷，是否难，而是是否必要。如果必要，再简单，也要提及；如果不必要，再炫酷，也暂不纳入。
通过大量的生信例子、关键的注释和浓缩的语句形成下面的一系列学习教程。每一篇内容都不多，可以当做小说阅读，也可以跟着去练，反复几遍，每读一次都会有不同的收获和体会。
系列教程
生物信息之程序
如何优雅的提问
生信宝典视频教程
好色之旅-画图三字经
转录组分析的正确姿势
生信的系列教程
生信的系列书籍
文章用图的修改和排版 (1)
文章用图的修改和排版 (2)
简单强大的在线绘图
简单强大的在线绘图-升级版
论文图表基本规范
学术图表的基本配色方法
数据可视化基本套路总结
英语写作常见错误总结和学习视频
教育部推出首批490门“国家精品在线开放课程
你该知道的杂志分区和影响因子及最新表格下载
你和PPT高手之间，就只差一个iSlide
推荐 3 个超赞的 EXCEL 插件，让你 5 分钟从小白变大神
史上最全的图表色彩运用原理
生信宝典一周年福利第一波 - 电子书赠送
测序发展史：150年的风雨历程
生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得
蛋白质组学研究
蛋白质组学研究概述
转录组研究
39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)
39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具大比拼 （完整翻译版）)
无参转录组分析工具评估和流程展示
120分的转录组试题（第一份答案）
120分的转录组试题（第二份答案）
120分的转录组试题（第三份答案）
DESeq2差异基因分析和批次效应移除
扩增子三步曲
1图表解读-理解文章思路
2分析流程-把握分析细节
扩展1：视频教程-夯实分析思路
扩展2：QIIME2教程-了解分析趋势
3统计绘图-冲击高分文章
宏基因组教程
微生物组入门必读 宏基因组实操课程
扩增子图表解读-理解文章思路
扩增子分析流程-把握分析细节
扩增子统计绘图-冲击高分文章
宏基因组分析教程
4500元的微生物组培训资料
宏基因组分析教程合集
宏基因组分析专题
1 背景知识-Shell入门与本地blast实战
2 数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
3 组装拼接MEGAHIT和评估quast
4 基因注释Prokka
5 基于Kmer比较数据集sourmash
6 不比对快速估计基因丰度Salmon
7 bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
8 分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
9 组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvio
10 绘制圈图-Circos安装与使用
MetaPhlAn2分析有参宏基因组
ChIP-seq专题
ChIP-seq基本分析流程
从Richard Young教授的系列研究看超级增强子发现背后的故事 (附超级增强子鉴定代码)
文献精读
肿瘤化疗无效是对预先存在的突变的选择还是诱发新突变，Cell给你答案
“人鸡胚胎”破解生命起源奥秘，百年来首次证实“组织者”存在于人体 ｜《Nature》发表重磅论文
被高中生物骗了这么多年，原来人体内细胞的DNA是有不同的？
周琪院士正面回应：60万一针有用吗？（干细胞治疗）
CRISPR-CAS9发展历程小记
一场大病引起的诺贝尔2017年生理学奖角逐
Science搞反狗脑 - 人脑和狗脑一样？
一篇压根不存在的文献被引用400次？！揭开” 幽灵文献” 的真面目
基于人工智能的文献检索，导师查找，更聪明
GeenMedical：文献查询、筛选、引用排序、相似文献、全文下载、杂志分区、影响因子、结果导出、杂志评述、直接投稿，一站服务
YANDEX搜索，不翻墙稳定使用近谷歌搜索
Nature我的研究对后人毫无用途：21%的学术论文自发布后从未被引用
SCI-HUB镜像, SSH隧道访问学校内网
为了速成生物学，一位程序员探索了”爆款”基因背后的秘密
Nature邀请6位专家为您支招如何写出一流论文？
Cell：荧光标记out了，AI不用“侵入”也能识别细胞死活和类型
如果你经常用PubMed，那么这个插件将非常好用！
生物研究中不可缺少的数字概念，多少，多大，多快
王秀杰研究组合作发现m6A修饰在小脑发育中的新功能 （附2018上半年m6A研究文章和点评）
把人类宝宝和黑猩猩幼崽一起养大，会发生什么有趣的事情呢？结局可能是有些出乎意料的～～
Linux
Linux - 总目录
Linux - 文件和目录
Linux - 文件操作
Linux - 文件内容操作
Linux - 环境变量和可执行属性
Linux - 管道、标准输入输出
Linux - 命令运行监测和软件安装
Linux - 常见错误和快捷操作
Linux - 文件列太多，很难识别想要的信息在哪列；别焦急，看这里。
Linux - 文件排序和FASTA文件操作
Linux - 应用Docker安装软件
Linux - Conda软件安装方法
Linux - 服务器数据定期同步和备份方式
Linux - VIM的强大文本处理方法
Linux - 查看服务器配置信息
Linux - SED操作，awk的姊妹篇
Linux - 常用和不太常用的实用awk命令
Linux - 那些查找命令
Linux - 原来你是这样的软连接
Bash概论 - Linux系列教程补充篇
CIRCOS系列
CIRCOS圈图绘制 - circos安装
CIRCOS圈图绘制 - 最简单绘图和解释
CIRCOS圈图绘制 - 染色体信息展示和调整
CIRCOS增加热图、点图、线图和区块属性
R统计和作图
在R中赞扬下努力工作的你，奖励一份CheatShet
别人的电子书，你的电子书，都在bookdown
R语言 - 入门环境Rstudio
R语言 - 热图绘制 (heatmap)
R语言 - 基础概念和矩阵操作
R语言 - 热图简化
R语言 - 热图美化
R语言 - 线图绘制
R语言 - 线图一步法
R语言 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图）
R语言 - 箱线图一步法
R语言 - 火山图
R语言 - 富集分析泡泡图
R语言 - 散点图绘制
R语言 - 韦恩图
R语言 - 柱状图
R语言 - 图形设置中英字体
R语言 - 非参数法生存分析
R语言 - 绘制seq logo图
WGCNA分析，简单全面的最新教程
一文看懂PCA主成分分析
富集分析DotPlot，可以服
基因共表达聚类分析和可视化
R中1010个热图绘制方法
还在用PCA降维？快学学大牛最爱的t-SNE算法吧, 附Python/R代码
一个函数抓取代谢组学权威数据库HMDB的所有表格数据
文章用图的修改和排版
network3D: 交互式桑基图
network3D 交互式网络生成
Seq logo 在线绘制工具——Weblogo
生物AI插图素材获取和拼装指导
NGS基础和软件应用
NGS基础 - FASTQ格式解释和质量评估
NGS基础 - 高通量测序原理
NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件
NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换
NGS基础 - 测序原始数据下载
本地安装UCSC基因组浏览器
测序数据可视化 (一)
IGV基因组浏览器可视化高通量测序数据
高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 1
高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 2
高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 3
测序文章数据上传找哪里
GO、GSEA富集分析一网打进
GSEA富集分析 - 界面操作
去东方，最好用的在线GO富集分析工具
生信软件系列 - NCBI使用
Bedtools使用简介
OrthoMCL鉴定物种同源基因 （安装 使用）
Rfam 12.0 本地使用 （最新版教程）
轻松绘制各种Venn图
ETE构建、绘制进化树
psRobot：植物小RNA分析系统
生信软件系列 - NCBI使用
去东方，最好用的在线GO富集分析工具
癌症数据库
UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)
ICGC数据库使用
TCGA数据库在线使用
Python
Python极简教程（一）
Python极简教程（二）
Python极简教程（三）
Python极简教程（四）
Python极简教程（五）
Python极简教程（六）
Pandas，让Python像R一样处理数据，但快
Python解析psiBlast输出的JSON文件结果
为啥我的Python这么慢 - 字符串连接 (一)
为啥我的Python这么慢 - 项查找 (二)
Python学习 - 可视化变量赋值、循环、程序运行过程
Python资源
关于Python中的__main__和编程模板
莫烦Python机器学习
编程新手入门踩过的25个“坑”，你犯过其中哪些错误？
NGS软件
Cytoscape网络图
Cytoscape教程1
Cytoscape之操作界面介绍
新出炉的Cytoscape视频教程
分子对接
来一场蛋白和小分子的风花雪月
不是原配也可以-对接非原生配体
简单可视化-送你一双发现美的眼睛
你需要知道的那些前奏
生信宝典之傻瓜式
生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列
生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络
生信宝典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里发光 - 如何查找基因在发表研究中的表达
生信宝典之傻瓜式 (四) 蛋白蛋白互作网络在线搜索
生信宝典之傻瓜式 (五) 文献挖掘查找指定基因调控网络
生信宝典之傻瓜式 (六) 查找转录因子的靶基因
生信人写程序
生信人写程序1. Perl语言模板及配置
生信人写程序2. Editplus添加Perl, Shell, R, markdown模板和语法高亮
小技巧系列
参考文献中杂志名字格式混乱问题一次解决
实用网站和在线工具推荐
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120分的转录组考题，你能得多少
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维密摔倒不可怕，关键时有人搀一把，坚持走下去
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Python没有捷径，但可以加速，零基础九天你也可以会编程
小学生都学Python了，你还不知道怎么开始-资源帖
一个月学会Python的Quora指南和资料放送
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微生物组——扩增子分析专题实战开课啦
如何入门生信Linux
3分和30分文章差距在哪里？
生信必备Linux培训，助您扎好根基
表观调控高通量测序分析培训开课啦
让你学了一次还想参加后续课程的实战班是什么样？
二代三代转录组测序分析实战班
谈谈数次生信线下活动的收获和体会
转录组课程以旧换新
4天你也可以自己处理二代三代转录组测序数据 （可只报名二代或三代）
芒种“忙种”，不负光阴
发乎于情止乎于怕 - 怎么才能拥有他？
易生信暑期黑马集训营 – 收获一“夏”