Genome Biology | 首次单细胞转录组测序技术的比较分析

英国学者Sarah A. Teichmann、Kedar Nath Natarajan联合华大Shiping Liu等人于2019年4月9日在《Genome Biology》上发表题目为《Comparative analysis of sequencing technologies for single-cell transcriptomics》的文章。

该文章通过评估和对比BGISEQ-500和Illumina HiSeq两个测序平台的准确性、敏感性和稳定性，第一次对两个平台的单细胞转录组测序进行了系统的比较分析。

文章摘要

单细胞转录组测序技术在测序前需要进行文库构建。在这里，作者第一次将单细胞转录组测序技术里比较便宜的BGISEQ-500平台和Illumina HiSeq平台进行比较。468个单细胞和1297个匹配的单细胞cDNA样本，利用SMARTer和Smart-seq2流程。在两个平台上使用单端和双端读取对这些文库进行测序，发现这些平台在基因表达的量化方面具有相当的敏感性和准确性以及低的技术可变性。本文研究为新的单细胞测序文库构建流程和测序平台的制定提供了标准化的单细胞转录组测序的借鉴。

文中主要图片说明

图1 | A. 小鼠胚胎干细胞单细胞转录组实验和测序的原理图。作者用来自于288个细胞 “匹配的”单细胞 cDNA通过SMARTer和 Smart-seq2两个流程，生成了576个单细胞文库，用于Illumina HiSeq2500和BGISEQ-500平台测序。B.C 降采样后，在不同的测序深度下比较两个测序平台，同时也评估测序饱和度是否达到。作者发现在两种测序平台以及不同的单细胞测序流程之间，灵敏度和准确度都高度相似。D. PCA表明两个平台的大部分匹配的单细胞是高度相似的（距离短）。E. 降采样后，两个测序平台单细胞灵敏度的相关性显著提高（R=0.52~0.70）

图2 | A. 小鼠胚胎干细胞和人K562细胞使用基于平板的Smart-seq2流程的单细胞测序实验和测序原理图。作者对82个小鼠胚胎干细胞和98个人类K562细胞通过基于平板的Smart-seq2流程，重复进行图1A的流程。B．灵敏度依赖于测序深度，K562细胞测序较深，因此比小鼠胚胎干细胞的灵敏度也要高一些。然而两个测序平台之间的灵敏度还是高度相似的。C. 灵敏度很少依赖于测序深度，小鼠胚胎干细胞和人K562细胞在两个测序平台之间有相似的准确度