Mouse Cell Atlas:小鼠单细胞图谱
过去,基因测序的常规技术是按组对细胞进行分析的,每个单细胞的特异性都会被忽略。单细胞组学技术使我们能够从单个细胞的水平上更为精确地解析细胞的分化、再生、衰老以及病变,但这项技术存在着成本高、精度低的问题。
因此,郭国骥团队设计出了基于琼脂糖材料的高通量单细胞捕获系统。以此为基础研发的Microwell-seq高通量单细胞测序平台,在提升现有单细胞技术精确度的同时,大大降低了单细胞测序文库的构建成本。并且由Microwell-Seq绘制的scMCA可以清楚地显示每个单个细胞的分化,病变和衰老。
郭国骥实验室风采,中间男士为郭国骥
除此之外,郭国骥团队的细胞测序还涵盖了哺乳动物体内的各种主要细胞类型,并对每一种器官内的组织细胞亚型,基质细胞亚型,血管内皮细胞亚型,和免疫细胞亚型进行了详细的描述,对小鼠近50种器官组织的40余万个单细胞进行了系统性的单细胞转录组分析,构建了首个哺乳动物细胞图谱。该数据库收录了小鼠近50种组织、40,0000细胞的基因表达数据。绘制了一幅精美的“细胞地图”,让科学的成果让更多人免费享用,一起来看看吧。
Mouse Cell Atlas
http://bis.zju.edu.cn/MCA/
主页面
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主页
Mouse Cell Atlas的主页页面包含三个部分。
“About MCA 2.0”描述了MCA网站的功能和更新。
“ouce tissue info”简要描述了样本的每个组织,比如肾上腺,膀胱,脑,骨髓,胚胎,心脏,肠,肾,肝,肺,乳腺。在左侧选择不同组织,右侧会显示组织。点击右上角会跳转到图集,看到更多详细的图片。点击右上角会跳转到图集,看到更多详细的图片。
Microwell-seq 模块可以看高通量单细胞分析技术是怎么进行操作的。
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Atlas
这里分析了来自> 14个小鼠组织(一般每个组织2-4个重复)和培养物中的800,000个单细胞。在全局视图中,完整的Mouse组织数据集被分为104个主要簇。网站创建此页面是为了获得更好的全局视图可视化效果。用户可以通过选择左侧的可选框来查看每个组,每个组织和每个基因。
Atlas view地图集视图提供了单个细胞水平的全局视图
Marker list标记列表提供了每个簇的标记基因。
还有Network 图,实际上是动态的,刷新可以让它 “伸个懒腰换姿势”。
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gallery
这一模块可以下载单细胞数字基因表达(DGE)矩阵,并获取每种数据的细胞编号和样本来源的信息。带有标记基因的聚类分析结果也可以在图库中共享。
以肺为例,点进去有各种各样的肺类型:胎儿的,新生儿的,出生十天的,三周的,成年人的,肺间质……每种类型都会写上数量、年龄和资料来源。
点击detail就可以看到图片