​ Lnc2Cancer：肿瘤相关lncRNA数据库

导语

Lnc2Cancer是一个手动管理的数据库，作者在PUBMED提供了lncRNA和人类癌症之间全面的实验支持的关联。中超过6500篇文献中手动收集了LncRNA与癌症之间的关联，完善了lncRNA-癌症关联并进行了注释，可提供lncRNA或circRNA与人类癌症之间全面的实验支持关联进行评分以及能够浏览癌症中LncRNA谱的高通量实验。Lnc2Cancer的当前版本通过审查1,5000多个已发表的论文，记录了10,303个条目，这些条目涉及2,659个人类lncRNA，743个circRNA和216个人类癌症亚型之间的关联。

近年来肿瘤相关lncRNA和circRNA的发展趋势

除此之外，Lnc2Cancer还提供实验支持的调节机制（microRNA，转录因子，变体，甲基化和增强剂），生物学功能（细胞生长，凋亡，自噬，上皮间质转化，免疫和编码能力）和临床应用（转移，复发，循环，lncRNA和circRNA在人类癌症中具有耐药性和预后性）。尤其是开发了一种包括RNA和单细胞测序表达数据的交互式分析平台，以帮助用户使用标准的处理流程探索癌症中的lncRNA。该数据由国人哈尔滨医科大学李霞教授组开发，相关文章发表在国际知名期刊Nucleic Acids Research上面，今年已经升级到3.0版本了，无论是可视化还是功能使用都已经更加成熟友好了，是不是很棒棒！一起来看看吧。

Lnc2Cancer

http : //www.bio-bigdata.net/lnc2cancer/

Lnc2Cancer主页

1.

Browser

我们可以通过右侧Cancer、lncRNA、circRNA可以直接选择浏览想要了解的子分类所有实验支持的关联查看，也可以通过点击中间的徽标（不同调节机制、不同生物学功能、不同临床应用），以查看不同的调节机制浏览相应的lncRNA和cicRNA。下面以点击右侧分栏癌症中的肾上腺皮质癌adrenocortical carcinoma为例：

Search Result可以看到9个adrenocortical carcinoma条目，在最上方有三种格式CSV、Excel、Copy格式进行下载。表格里有不同LLnc/CircRNA 对应的Cancer name、Methods、Expression pattern、Mechanism、Function、Clinical、Pubmed ID（可以跳转到pubmed上的文章出处）、Details（可以看到对应癌症的基本信息、分类信息如TF甲基化和癌症和收录信息）、Box Plot、Stage Plot、Survival、Similar、Network。

Details

2.

Search

这里有两种搜索模式，一种是一般搜索，模糊关键词搜索，直接输入记音符号或者癌症代码代码即可，另一种是高级搜索，除了需要输入ID和癌种外，可以选择Dysregulation Pattern、样本数、RNA Type，还可以在选定Advanced Search，Regulatory Mechanism、Biological Function、Clinical Application区域。

其中失调模式包括上调，下调和差异表达可以过滤结果，样本类型（包括组织，细胞系和血液）可以过滤结果，用户可以选择只显示lncRNA和circRNA，或全部显示，调节机制，生物学功能和临床应用的不同选择可以过滤结果。

3.

Single Cell Web Tools

单细胞网络工具基于49个单细胞数据集提供了lncRNA的关键交互式和可自定义功能，包括常规信息，聚类，热图和差异表达分析。基于单细胞测序的与20种人类癌症相关的49个lncRNA表达数据集可从GEO和公开的文献中获得。这里有Cluster、Heatmap Plotting、Differential Expression Analysis (DEA)三种功能可供使用，还提供了单细胞数据集信息展示，可以搜索，单击任一表头可以改变排序顺序。

在Cluster功能，用户可以对单元格数据执行聚类分析，在右方可以下拉选择样品数据，呈现结果如下：

Heatmap Plotting功能提供了不同簇之间差异表达的lncRNA的热图：

差异表达分析（DEA），该功能允许用户获得lncRNA的差异表达信息和箱形图。该功能由R软件包Seurat 3.1.5版中的VlnPlot使用默认参数执行。

4.

RNA-seq Web Tools

RNA-seq网络工具包含用于挖掘与癌症相关的lncRNA的复杂功能，包括一般信息，差异表达分析，箱型图，阶段图，生存分析，相似的lncRNA识别，相关分析，网络构建和TF基序预测。当前的RNA-seq网络工具中的数据集是从TCGA获得的，其中包含15878个lncRNA，33种癌症类型，9664个肿瘤和711个正常对照样品。

General Information：此功能提供一般信息，包括lncRNA名称，Ensembl ID，别名，基因类型，位点，功能机制，生物学过程。以及显示感兴趣的lncRNA中实验报告条目的数量，包括所有，机制，功能，临床。还有基于人体图谱的感兴趣的lncRNA统计数据的全局视图和基于癌症类型的感兴趣的lncRNA统计图，如下：

Differential Expression Analysis (DEA)差异表达分析（DEA）功能允许用户获得特定癌症中lncRNA的差异表达分析和热图。此功能允许用户对特定类型的癌症应用自定义统计方法和阈值。Box Plotting箱形图，用于比较癌症和正常样品之间特定lncRNA的表达。此功能允许用户为癌症和正常人群的箱形图应用自定义颜色。这里不做过多介绍。

Stage Plotting功能可根据患者病理分期生成特定lncRNA的表达小提琴图。该功能允许用户选择主要和详细的癌症分期。

Survival Analysis此功能基于特定的lncRNA表达执行整体生存（OS）或无病生存（DFS，也称为无复发生存和RFS）分析。此功能允许用户应用lncRNA的自定义OS，DFS，中位数和分位数表达值。

Similar lncRNAs Identification此功能为输入的lncRNA和选定的数据集标识具有相似表达模式的lncRNA列表。

Correlation Analysis功能为癌症中两个感兴趣的lncRNA提供了lncRNA表达相关性分析。该功能允许用户应用自定义的相关分析方法，包括Pearson，Spearman和Kendall。

Network Construction此功能提供了相互作用的miRNA-lncRNA和mRNA-lncRNA共表达网络，如下：

TF Motif Prediction此功能可预测特定lncRNA的TF基序，并提供TF基序序列LOGO图形。

单击上图“眼睛”按钮，TF主题功能将生成所选TF主题的TF主题序列LOGO图形。

5.

Statistic

这一模块展示 Lnc2Cancer的数据库内容各种统计更新情况，如下：

6.

Download

如果你想下载这个数据库的数据自己回去倒腾也是可以，可供提供的下载如列表：

好啦，这个数据库就介绍到这里啦，总的来说Lnc2Cancer v2.0主要是告诉用户lncRNA的研究进展：以往的lncRNA的研究情况，如何研究，相关结论，还是挺好用的，希望大家通过这篇推文有所收获。