甲基化特异MLPA技术（Methylation-Specific MLPA, MS-MLPA）是MLPA技术的一种衍生技术，可用于同时对多个目标的甲基化进行半定量分析。
与常规MLPA探针一样，MS-MLPA探针均由左侧探针和右侧探针组成。除了常规MLPA探针的杂交序列、通用引物识别序列及填充序列之外，MS-MLPA探针还包含甲基化敏感的 HhaI核酸内切酶的酶切位点，可用于甲基化分析
MS-MLPA的基本原理是HhaI酶可以消化未甲基化的靶序列，导致信号降低或无信号；HhaI酶不能消化甲基化的靶序列，产生正常信号。
小胖威利综合征/天使人综合征
可同时检测15q11区域的拷贝数变化及甲基化状态，一次实验即可检测PWS（父源缺失、母源UPD）和AS（母源缺失、父源UPD）。
小胖威利综合征（Prader-Willi syndrome, PWS）和天使人综合征（Angelman syndrome, AS）是不同的神经源性疾病，通常由染色体15q11区域的缺失或单亲二倍体引起，该区域染色体的改变会导致受印迹影响的基因座表达异常。由于父本等位基因的染色体缺失或母本UPD而存在两个印迹拷贝会导致PWS，而缺少相同区域的母本等位基因或父源UPD会导致AS。
Beckwith-Wiedemann综合征/ Russell-Silver综合征
可检测11p15 BWS/RSS区域中IC2（KvDMR）和IC1（H19DMR）结构域的一个或多个序列的异常甲基化，覆盖导致BWS和RSS的大多数原因。还可用于筛选如肾母细胞瘤的儿童期癌症。Beckwith-Wiedemann综合征（BWS）是一种临床异质性过度生长综合征，与胚胎肿瘤发展风险增加有关。Russell-Silver综合征（RSS）是一种涉及宫内和出生后生长迟缓的遗传异质性疾病。这两种综合征均由染色体11p15上印迹生长调节基因的两个结构域内的遗传或表观遗传改变引起，导致该区域内印迹基因的失调表达。大约60-70%的患者有印迹结构域IC1或IC2的印迹异常。
奥尔布赖特遗传性骨营养不良, 假性甲状旁腺功能减退症
可检测20q13.32 GNAS基因座四个差异甲基化区域的缺失，重复和甲基化异常，包含GNAS，STX16和TH1L（NELFCD）基因。奥尔布赖特遗传性骨营养不良（Albright hereditary osteodystrophy,AHO）是一种复杂的形态异常和内分泌综合征，其特征是身材矮小，面部圆，肱畸形，皮下骨化和各种程度的神经行为缺陷和发育迟缓。它是由GNAS杂合突变引起的。一些患者存在激素抵抗，主要是甲状旁腺激素，导致低钙血症、高磷血症、高血浆甲状旁腺激素水平和肥胖，其病情被称为假性甲状旁腺功能减退症（PHPIa）。在缺乏激素抵抗的情况下，AHO被称为假性甲状旁腺功能亢进症（PPHP）。除了PHPIa和PPHP外，GNAS位点的突变可能引起PHPIb。母源衍生的突变通常与PHPIa相关，而PPHP由父本衍生的突变引起。PHPIb由GNAS基因座的四个差异甲基化区域中的一个或几个中的缺失或STX16基因中的缺失引起。
脆性X综合征
可同时检测FMR1和AFF2基因的拷贝数及甲基化状态。如果男性DNA样本存在FMR1基因完全突变（＞200个三核苷酸重复），FMR1启动子区域就会发生甲基化，该法可以准确地区分FMR1的前突变和全突变。
染色体Xq28上FMR1 （FRAXA）和AFF2 （FMR2， FRAXE）基因的缺失会导致脆性X综合征，其在男性中的发病率为1/1000-1/1500，仅次于先天愚型。FMR1和AFF2基因中最常见的缺陷是外显子1中三核苷酸的重复。这种重复导致基因启动子序列甲基化，从而导致基因沉默。MLPA不能直接检测这种三核苷酸重复片段的长度，但可以定量检测基因启动子序列的甲基化状态，明确基因是否沉默失活。
