【直播】我的基因组53：几个找变异的软件的效果比较

随便找一个SNP-calling的综述就可以找到一大堆软件的评价，我这里强烈推荐A survey of tools for variant analysis of next-generation genome sequencing data  : http://bib.oxfordjournals.org/content/15/2/256.short

如果你在找变异这一个知识点还很模糊，甚至可以花点时间来翻译一下，同时欢迎大家交流自己的学习心得(http://www.biotrainee.com/thread-109-1-1.html 论坛回帖即可)

我很早以前处理外显子数据的时候，就比较过几个软件的找变异的效果，这里就继续沿用上次的思路！

我比较了gatk,freebayes,bcftools,varscan，都是引用率比较高的而且经受了时间的考验的好软件。

【直播】我的基因组（四）：计算资源的准备

它们的下载安装方法是：

1. ## Download and install bcftools

2. ## http://www.htslib.org/download/

3. ## http://www.htslib.org/doc/bcftools-1.0.html

4. cd ~/biosoft

5. mkdir bcftools && cd bcftools

6. wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.3.1/bcftools-1.3.1.tar.bz2

7. tar xvfj bcftools-1.3.1.tar.bz2

8. cd bcftools-1.3.1

9. make

10. cp bcftools /home/jianmingzeng/biosoft/myBin

11. ~/biosoft/myBin/bin/bcftools --help

12. ## Download and install freebayes

13. ## https://github.com/ekg/freebayes

14. ## http://clavius.bc.edu/~erik/CSHL-advanced-sequencing/freebayes-tutorial.html

15. cd ~/biosoft

16. mkdir freebayes && cd freebayes

17. ## wget -O freebayes-master.zip https://codeload.github.com/ekg/freebayes/zip/master

18. ## unzip freebayes-master.zip

19. wget http://clavius.bc.edu/~erik/freebayes/freebayes-5d5b8ac0.tar.gz

20. tar xzvf freebayes-5d5b8ac0.tar.gz

21. cd freebayes

22. make

23. ~/biosoft/freebayes/freebayes/bin/freebayes

24. cd ~/biosoft

25. ## https://sourceforge.net/projects/varscan/files/

26. ## http://varscan.sourceforge.net/index.html

27. mkdir VarScan && cd VarScan

28. wget https://sourceforge.net/projects/varscan/files/VarScan.v2.3.9.jar