circRNA_ID转化

前些天生信技能树系统性的总结了circRNA的相关背景知识：

其中一个学徒作业的示例火山图里面的差异circRNA的ID就很诡异，学徒群里大家下载芯片后没办法复现处理，所以就有了ID继续转换的需求。第一个ID转换的芯片的探针到circRNA的6位数ID，然后第二次转换是到 CircBase数据库的七位数ID。正巧八月份学徒小豆包在有这方面课题，所以就安排他做了一些资料整理，并且写出了非常棒的教程，希望对你有帮助。

论文中有时会出现同个circRNA在同篇文章中使用不用名称的问题，给阅读文献带来了很大困扰，举个栗子：hsa_circ_0000001和hsa_circ_000529其实是一个circRNA，有些无良作者一篇文章中会同时使用这两个ID，看论文的人特别是初次接触circRNA的人苦不堪言，在此列出了常见的几种circRNA_ID供大家参考。
01
六位数字circRNA_ID：
Agilent公司circRNA芯片

我们查阅GEO数据库发现，目前经常使用的人类circRNA芯片主要有以下几种：

  • GPL21825：074301 Arraystar Human CircRNA microarray V2

  • GPL19978：Agilent-069978 Arraystar Human CircRNA microarray V1

  • GPL26925：Agilent-084217 CapitalBio Technology Human CircRNA Array v2

  • GPL23467：Agilent-082557 CBChuman circRNA array V2.0

对我们感兴趣的GSE，下载相应的GPL信息即可获得circRNA_ID，当然还有其他物种的circRNA芯片，可自行探索。

02
七位数字circRNA_ID：
CircBase数据库

采用阿拉伯数字形式进行编码命名，如：hsa_circ_0000001（七位阿拉伯数字）

circBase数据库提供六位/七位circRNA_ID对照表，当我们需要进行ID转化时，登录http://circbase.org/cgi-bin/downloads.cgi即可下载circID与name对应关系进行转化。

下载得到的对应关系文件如下：

circID    name
hsa_circ_0000001    hsa_circ_000529
hsa_circ_0000002    hsa_circ_000531
hsa_circ_0000003    hsa_circ_002058
hsa_circ_0000004    hsa_circ_002098

03
Host gene+三位阿拉伯数字：
Circbank数据库

采用host gene+阿拉伯数字形式进行编码命名，如：hsa_circA1CF_001。

001：按照转录起始位点进行排序，其论文中对相同转录起始位点的circRNA命名和circRNA存在可变剪切情况下的命名进行了阐述，下图形象的阐述了Circbank的命名规则；此外，在论文Circbank: a comprehensive database for circRNA with standard nomenclature中还提及了更多特殊情况下的命名方法。

当我们需要进行ID转化时，登录http://www.circbank.cn/downloads.html#即可下载circBank_id与circRNA_id对应关系进行转化。

下载得到的对应关系如下，即可实现ID转化。

circBank_id    circRNA_id  
hsa_circA1CF_001    hsa_circ_0018410    
hsa_circA1CF_002    hsa_circ_0018409
hsa_circA2ML1_001    hsa_circ_0025378
hsa_circA2ML1_002    hsa_circ_0025379

小结

以上就是三种主流的circRNA_ID，基本涵盖了论文中提及的ID；安捷伦circRNA芯片使用6位数ID，我们实验室测序结果使用的7位数ID，当然除此三种外，还有一些其他的circRNA_ID命名方式，欢迎各路大神补充。

参考文献

1.Circbank: a comprehensive database for circRNA with standard nomenclature.

2.circBase: a database for circular RNAs.

最后按照惯例，我们应该是有生信技能树的友情推广，但是我们长沙站招生已经满了，而且未来的两个月并没有外出巡讲计划，所以就不宣传了，大家可以继续添加小助手，说出自己的城市需求，我们会优先安排明年巡讲场次：广州专场（全年无休）GEO数据挖掘课，带你飞（1.11-1.12）和 生信入门课全国巡讲2019收官--长沙站

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