lncRNA组装流程的软件介绍服务器安装IGV
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程!
通过mobaxterm这个工具可以直接在服务器里安装运行IGV,因为mobaxterm支持X11,在运行IGV时可以接弹出一个窗口
具体安装方法如下:
# 下载liunx版IGV
wget https://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/2.9/IGV_Linux_2.9.4_WithJava.zip
# 解压
unzip IGV_Linux_2.9.4_WithJava.zip
# IGV包只需要解压,不需要安装,运行解压出的文件igv.sh
bash igv.sh
不仅仅可以通过mobaxterm安装IGV,如果没有root权限,也可以通过这个mobaxterm安装R studio等之类的工具
安装方法:
首先把condarc里面的国内镜像全部停用,因为清华没有这个r的镜像,接着安装的话,我们为了避免污染环境,选择独立创建一个环境
mamba create -n rstudio -c r -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ rstudio
然后激活rstudio
# 激活环境
conda activate rstudio
进入环境之后,只需要在mobaxterm里面输入rstudio,启动rstudio,我们就可以开始玩耍了
参考
https://mp.weixin.qq.com/s/ZZhj5dtq54QCGTaBu7Y65g
https://zhuanlan.zhihu.com/p/108571232
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