Gut | 真菌参与原发性硬化性胆管炎患者肠道微生物群的生态失调
推荐：江舜尧
编译：董小橙
编辑：董小橙
法国学者Chantal Housset和Harry Sokol等人于2019年4月23日在《Gut》上发表题目为《Fungi participate in the dysbiosis of gut microbiota in patients with primary sclerosing cholangitis》的文章。该研究分别使用16S和ITS2测序确定粪便微生物群落中的细菌和真菌组成。
文章摘要
目的：患有原发性硬化性胆管炎（PSC）的患者已被证明其肠道中细菌群落失调，但真菌群落是否失调还有待研究。本研究的目的是评估PSC患者肠道中的真菌群落变化。
设计：我们分析了PSC且伴随IBD的患者（n = 27），PSC但无IBD的患者（n = 22），IBD但无PSC患者（n = 33）和健康受试者（n = 30）的粪便微生物群。
分别使用16S和ITS2测序确定粪便微生物群落中的细菌和真菌组成。
结果：我们发现PSC患者存在细菌性生态失调，其特征是生物多样性减少，组成改变和相关网络密度降低。这些微生物群的改变与PSC有关，与IBD状态无关。我们首次发现，PSC患者表现出真菌性肠道失调，其特征是生物多样性相对增加，成分改变。值得注意的是，我们观察到Exophiala的比例增加和Saccharomyces cerevisiae的比例降低。与IBD患者和健康受试者相比，PSC患者的肠道微生物群在细菌- 真菌相关网络中表现出强烈的破坏，表明互联网串扰的改变。
结论：该研究表明，细菌和真菌有助于PSC的肠道生态失调。
文中主要图片说明
图1 肠道细菌群落的生物多样性。在健康受试者和IBD_only，原发性硬化性胆管炎（PSC）_IBD或PSC_only的患者中使用16S测序分析肠道细菌群落。（A）通过Bray-Curtis距离的主坐标分析评估β多样性。通过（B）Shannon和（C）Chao1指数评估α多样性。
图2 肠道细菌群落的组成。四组中在（A）门和（B）科水平上的细菌群落的总体组成。（C）使用线性模型（MaAsLin）多变量分析的多变量关联测试鉴定与原发性硬化性胆管炎（PSC）相关的细菌分类群。（D）分析了PSC患者中细菌OTU与肝脏测试之间的相关性。
图3 肠道细菌群落的相关网络。在四组中使用Spearman相关性建立细菌之间的相关网络。（A）丰度相关网络图。（B）邻居数量;指示了平均值和SEM。
图4 肠道真菌群落的生物多样性和组成。在四组中使用ITS2测序分析肠道真菌群落。（A）通过Bray-Curtis距离的主坐标分析评估β多样性。与健康受试者和IBD患者相比，四组（B）及所有原发性硬化性胆管炎（PSC）（有或没有IBD）的患者（C）中的Shannon指数。在（D）门和（E）属水平的真菌群落组成。（F）使用线性模型（MaAsLin）多变量分析的多变量关联测试鉴定与PSC相关的真菌分类群。
图5 真菌细菌网络。为了解决四组中肠道细菌和真菌之间的平衡，通过（A）四组和（B）在所有原发性患者中的Shannon指数来估计ITS2 / 16S多样性比率。（C）使用距离相关性测试在四组中建立科和属的相关网络。（D）邻居数量。
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