准备国自然基金，这篇文章给了很好的模板！
基金的结果公布后大家下半年的主题就是准备国自然的项目了，虽然还有半年的时间，大部分人的习惯就是等一等，缓一缓，放一放，休息一下，在最后的三个月开始准备，今天我们就结合一篇最新的文章看看思路和准备的策略。
这篇文章是8月21号刚发表在Nature cell biology杂志上的文章，影响因子20分：
文章主要讲的是hnRNP E1（核不均一核糖核蛋白E1）参与基因PNUTS的可变剪接过程，从而导致基因PNUTS产生两种形式的RNA：一种是不编码蛋白的lncRNA PNUTS ，另外一种是编码蛋白的mRNA PNUTS，其中lncRNA PNUTS作为海绵吸附miR-205从而上调EMT标志物ZEB1的表达，从而促进上皮间质转化。
总的来说，在TGFβ刺激下，hnRNP E1被磷酸化后结合到基因基因PNUTS的11号外显子（Exon 11）位置，导致基因PNUTS的可变剪接过程发生变化，从原先产生的PNUTS mRNA变为了lncRNA PNUTS，lncRNA PNUTS下游的机制是：lncRNA PNUTS/miR-205/ZEB1/EMT。
为了验证以上的思路，文章从下面四部分展开：
下面我们讨论几个点：
本文的思路跟我们以前介绍的一篇Cell文章非常像：这篇文章可能颠覆你对lncRNA的理解……，
两篇文章涉及到的研究热点都包括了：可变剪接和lncRNA，这篇NCB的文章信号轴是：TGFβ——hnRNP E1——基因PNUTS可变剪接——lncRNA PNUTS升高——miR-205——ZEB1——EMT，而这篇Cell文章的信号轴是：UV——可变剪接模式ALE异常——基因ASCC3可变剪接——lncRNA ASCC3 long升高，而ASCC3的两条转录本long和short功能则是相反的，两篇文章可以互相印证学习。
2. 关于hnRNP E1这一类蛋白，我们在RNA结合蛋白预测工具RBPDB的时候介绍过（（工具篇）：对方又向你扔了一个神器……），我们可以尝试看一下通过这个工具预测与PNUTS结合的蛋白：
我们看到预测到了hnRNP A1，而hnRNP E1在这个数据库里面则由于没有收录所以没有搜索到：
不过这个工具对于我们设计课题还是非常有用的。
3. 从准备基金的角度来看，如果大家需要参考这两篇文章来设计课题，就可以马上开始准备了，这两篇文章的工作量非常大的，为了保证课题的可靠性，我们可以套用这个模板：A.刺进因素——B.可变剪接因子——C.基因的可变剪接——D.lncRNA/mRNA——E.下游机制和功能——F.临床问题，我们可以先确定A和F这六个因素里面的两个，比如HBV和肝癌，TGFβ和肺纤维化等，然后结合GEO的数据寻找D和C，通过D来预测B。然后通过预实验进行验证就好了。