《科学》杂志的洪水论文存在的几个常识性逻辑问题
鲧禹治水与“大洪水”传说属于两个不同故事
大洪水是世界多个民族的共同传说，美索不达米亚、希腊、印度、中国、马雅等文明中，都有洪水灭世的传说。中国也有类似的传说，内容方面，与西方的近似，而时间方面，则变得更早。引用维基百科上的描述：
伏羲氏与女娲本来是兄妹。由于上天而惩罚世人，所以降暴雨要淹死世人。于是两兄妹躲入了一个巨型的葫芦里避水。最后，他们成功在水灾后存活。由于世人都死了，他们二人于是结为夫妇，并在当地生儿育女。这些儿女后来成为了当地各个民族的祖先。
广为流传的大禹治水则是完全不同的另外一个故事，引用维基百科上的描述：
帝尧时，中原洪水泛滥造成水患灾祸，百姓愁苦不堪。帝尧命令鲧治水，鲧受命治理洪水水患，鲧用障水法，也就是在岸边设置河堤，但水却越淹越高，历时九年未能平息洪水灾祸。接着命鲧的儿子禹继任治水之事。禹立即与益和后稷一起，召集百姓前来协助，他视察河道，并检讨鲧治水失败的原因。禹总结了其父亲治水失败的教训，改革治水方法以疏导河川治水为主导，用水利向低处流的自然趋势，疏通了九河。禹亲自率领老百姓餐风露宿，整天泡在泥水里疏通河道，把平地的积水导入江河，再引入海洋。禹坚韧不拔，勇于开拓的精神，经过了十三年治理，终于取得了成功，消除中原洪水泛滥的灾祸。
一个明显的逻辑：大洪水传说是与伏羲女娲联系，而伏羲女娲远在大禹之前。大洪水后只剩下伏羲女娲兄妹两人，然后开始繁衍人类。而大禹治水之时民众已天下繁衍，只是苦于水患。很显然的逻辑：发生大洪水时，不可能发生大禹治水。不做严格证明，综合其他各种推理计算，推理“大洪水”传说发生的时间大约在1万-8000年之间左右。
大洪水不存在与治水需求的内在必然联系
具体到黄河上游积石峡堰塞湖，假设他们关于堰塞湖溃堤而发生一次洪水成立，这样的洪水规模影响范围也是有限的。更重要的是这样的突发性洪水必然是一次性的灾难，不存在长期的必然的内在治水需求。今年7月长江第1号洪水洪峰有50000立方米/秒，很快也就会过去，影响有限。就算论文作者计算的积石峡堰塞湖溃坝所造成的洪峰能达到今年长江1号洪峰的8倍，其影响仍然是局域性和短时的。即使是大范围面积灾难性事件，那也是突发事件。4000年前后这段时间，中国新石器文化发展状况：距离积石峡较近的齐家文化区并没有什么影响；地势较高的山西陶寺文化反而遭受重创，但明显并非洪水所致，而可能是北方文化入侵导致；黄河有可能发生改道而入渤海，但影响区局限于豫北冀南低地。
而鲧禹治水的原因，是因为河流每年经常性泛滥影响农业生产，因为群体性需求而采取的治理措施。鲧治水时间有9年，大禹治水时间有13年，有这么长时间，洪水早就水滴不存，还需要费劲巴拉治水吗？河流每年经常性泛滥影响农业生产，才会产生治水需求，这与新中国治理淮河的性质类似，而与大洪水传说无关。中国古籍也从未把大洪水传说与大禹治水传说连在一起，因为这是两个不同的时间、不同的人物、不同的故事！
因为治水，需要集权，从而诞生王权。清华大学教授董浩林文章认为，被证明因为治水成功而诞生王权的只有5000年前的古埃及。
夏商周所制定的夏代开始年表仍然只是个假设
论文结合喇家遗址，计算这次洪灾大约发生在公元前1920年，然后声称与夏朝开始年代相仿，并荒唐地把夏朝开始时间定为前1900年。
中国有5000年文明的传说，五帝时代在5000多年前，大禹治水发生在5000年前后，而不是4000年，这应该是大家从小就知道的故事。后来怎么又变了呢，为什么从5000年变成4000年了呢？那是因为中国考古无法在中国寻找到夏朝存在和5000年文明的证据。然后一些专家就把夏朝文明给矮化到4000年前。根源来自于夏商周断代工程。
夏商周断代工程正式启动于1996年5月16日。由于该工程成果报告简本发表后，其结论和方法引起了中国内外学术界的不少质疑，因此最终的报告繁本未能获得通过。因此从此一角度上而言，该工程是一项尚未完成的项目。2000年11月9日夏商周断代工程公布了《夏商周年表》。《夏商周年表》定夏朝约开始于前2070年，然而这个年代仍然只是一个推论框架，而不是经过考古实证了的。拿一个假设的年代去套积石峡洪水发生时间，自然在逻辑上无法证明。
至于论文作者把洪水时间与二里头时间联系，也被二里头考古队长许宏给以了驳斥。
最后，就算是时间能对得上，从逻辑上讲也无法证明发生一次大洪水就是“大禹治水”。因为需要证明的东西太多，需要证明夏朝在中国本土确实存在，需要证明大禹这个人物确实存在，需要证明发生大洪水与大禹要治水有内在的逻辑。。。。所有这些证明都需要考古证据的支持，有吗？一场大洪水证明不了夏朝，更证明不了大禹治水！
涉嫌抄袭“民科”脑洞嫌疑
文汇学人张经纬文章“大禹和千里之外的洪水”提到，《洪水》这个文章也不是这个“大禹治水”脑洞的始作俑者，而是早在2006年，就有人在《青海日报》上撰写了《喇家遗址与大禹治水》。《洪水》文中望文生义的“积石”解释也与青海日报那篇“民科”文章相仿。因而，又再现专家抄袭民科脑洞的现象。正如有网友评论道：论文除了证明发生了一场洪水，什么也证明不了！而洪水在中国经常性发生。
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