阴阳和五行学说，是我们先民分析自然事物结构及其运动规律的哲学成果。它们从一开始就显示了整体性、结构化的思维模式。我国先民没有找寻构成万物的基本粒子，而是将他们的经验到的自然界看作一个整体去研究，分析它的构成要素，以及这些要素之间的相互关系。
阴阳学说将轮回中的四时节气与物候现象看作一个整体，并将它区分为四个阶段，每个阶段都有明确的特征，如温热凉寒四气、生长收藏四候。重要问题在于，这种对节气物候的划分也可以适用于个体与人事的探讨。五行学说，通过对与人类的活动密切相关物体的分类，逐步扩展至对于整体自然界物质构成。认为，组成自然界的所有物体都可以按照这种分类法。先秦时代，五行学说被用于人体解剖、生理和病理的研究中，成为中医学理论体系的重要组成部分。我国先民不仅在生产和生活的实践中形成对自然界组成的运动形成了朴素认识，有关鬼神的信仰也在他们头脑中占据着重要的地位，并指导着他们的各种社会活动。从远古时代起，人类的大脑就受到鬼、神这两种观念的深刻影响。鬼、神的观念什么时候起源，以及如何起源的问题，我们不能说清楚。通过考古遗迹发现，远在旧石器时代晚期，北京周口店的山顶洞人在尸体周围撒上赤铁粉矿粒，说明山顶洞人尊重死亡，在家属或同伴死亡后，要举行一定的仪式。他们之所以这样做的思想动机，很可能是因为他们认为，人有灵魂且灵魂不死。新石器时代的文化遗存中，先民常将死者生前生使用过的生产工具和生活用品用作陪葬品，这表明他们相信人的灵魂是不灭的，人死不过是去另外一个世界生存。这些证据充分说明，存在着灵魂，且灵魂不灭的思想得非常久远。神明的观念是如何起源的呢？我们猜想，在人类生存的早期阶段，人类不断地与各种自然力量做斗争。例如，风、雨、雷、电、地震、洪水、山火、猛兽等等。但当时，人类的力量非常弱小，在与自然的斗争的过程中，常常居于失败者的位置，所以就对各种自然力量产生了敬畏的心理。而人类又通过自己的视角去观察世界，所以就很自然地以为，各种自然力量也都像人类一样有思想、有意志。人类将自己的人格向外投射，将各种不能战胜的自然力人格化，就是各种神明观念的源头。因为恐惧等原因，人们还常常将神明的面貌想象得十分丑恶可怕。神明的力量是伟大的，他们主宰着自然的各种现象和人类生活的方方面面。神明与灵魂的观念建立起来之后，反过来也要被用于解释自然现象和指导生产生活。鬼神观念与宇宙起源的问题结合起来，就产生了各种创世神话。与氏族杰出的首领结合起来就产生了各种英雄传说。为了处理人群与鬼神、祖先之间的关系，各种祭祀活动产生了。在远古社会，社会生活中祭祀是最重要的活动之一。为了让神明帮助人们解决日常生活中种种疑难，占卜活动应运而生。在龙山文化的遗存就发现有大量烧灼后用作占卜的兽骨。商代龟卜和骨卜尤盛，我们通过河南安阳殷墟出土的大量甲骨文书可以看到商人多么迷信龟卜。周代的《易经》也是一种占卜术，古人称为筮法。占卜活动的目标不是预测未来，而是借助神明的力量释疑解难，帮助人们解决当下的疑难或困惑。占卜是神明信仰时代自然而然的产物。旧石器时代晚期，氏族社会内部出现了阶级分化，约在公元前两千多年前，最早的国家夏王朝诞生。国家产生之后，统治阶级又利用鬼神的观念来强化自己的统治地位，君权神授的思想产生。此时，人类朴素的众神观念也开始发生变化，从多神信仰逐渐走向一神信仰。这也是人类社会的政治统一向神明信仰的投射。人们不满足众神和平相处的平等地位，就为众神找到一位主人，称为帝或上帝。帝是统治天界众神和人间一切事物的主宰。自然界中山川河流，气候的变化，年成的丰歉，以及人间战争的胜负，官吏的升退，无不由他支配。天子，即帝的儿子，是被派到人间治理万民的。所以，天子决定各种重大事情时，都首先要问是不是符合天帝的意志。如何知道天帝的意志呢？这就需要通过占卜。商代最迷信龟卜，认为龟卜代表了上帝的意志。所以孔子说：“殷人尊神，率民以事神，先鬼而后礼，先罚而后赏，尊而不亲”。古代的统治者，利用君权神授来说明自己统治地位的合法性，利用龟卜假借神意役使平民和奴隶为他的战争、耕种、缴纳贡赋。还宣扬神鬼能赏罚的观念，教百姓安于现状，不要反抗。所以，国家诞生之后，宗教就被统治阶层用作统治人民的工具。
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