GEO联合Oncomine数据挖掘文献分享 / 四六文摘

论文题目：

Identification of candidate biomarkers and pathways associated with SCLC by bioinformatics analysis

摘要：

小细胞肺癌（SCLC）是高度恶性肿瘤之一，对人类健康构成严重威胁。本研究的目的是探索SCLC的潜在分子机制。从Gene Expression Omnibus数据库下载mRNA微阵列数据集GSE6044和GSE11969，并使用GEO2R工具筛选正常肺和SCLC样品之间的差异表达基因（DEG）。使用DAVID数据库对常见DEG进行功能和途径富集分析，并通过STRING数据库构建常见DEGs的蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）网络，并用Cytoscape软件显示。此外，使用CentiScaPe和插入分子复合物检测进行网络中的中枢基因和PPI网络的模块分析。最后，在Oncomine数据库中验证了hub基因的mRNA表达水平。总共150个常见DEGs，绝对倍数变化> 0.5，包括66个显着下调的DEGs和84个上调的DEGs。基因本体学术语富集分析表明，常见的上调DEGs主要富集于生物过程（BP），包括'细胞周期'，'细胞周期阶段'，'M期'，'细胞周期过程'和'DNA代谢过程'。常见的下调基因在BP中显着富集，包括“对伤口的反应”，“免疫系统过程的正调节”，“免疫反应”，“急性炎症反应”和“炎症反应”。京都百科全书基因和基因组途径分析确定小细胞肺癌（SCLC）是高度恶性肿瘤之一，对人类健康构成严重威胁。本研究的目的是探索SCLC的潜在分子机制。从Gene Expression Omnibus数据库下载mRNA微阵列数据集GSE6044和GSE11969，并使用GEO2R工具筛选正常肺和SCLC样品之间的差异表达基因（DEG）。使用DAVID数据库对常见DEG进行功能和途径富集分析，并通过STRING数据库构建常见DEGs的蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）网络，并用Cytoscape软件显示。此外，使用CentiScaPe和插入分子复合物检测进行网络中的中枢基因和PPI网络的模块分析。最后，在Oncomine数据库中验证了hub基因的mRNA表达水平。总共150个常见DEGs，绝对倍数变化> 0.5，包括66个显着下调的DEGs和84个上调的DEGs。基因本体学术语富集分析表明，常见的上调DEGs主要富集于生物过程（BP），包括'细胞周期'，'细胞周期阶段'，'M期'，'细胞周期过程'和'DNA代谢过程'。常见的下调基因在BP中显着富集，包括“对伤口的反应”，“免疫系统过程的正调节”，“免疫反应”，“急性炎症反应”和“炎症反应”。京都基因百科全书和基因组途径分析确定常见的下调DEGs主要富集在'补体和凝血级联'信号通路中;常见的上调DEGs主要富集于'细胞周期'，'DNA复制'，'卵母细胞减数分裂'和'错配修复'信号通路。从PPI网络中选择SCLC中排名前10位的中枢基因，包括拓扑异构酶IIα，增殖细胞核抗原，复制因子C亚基4，检查点激酶1，胸苷酸合成酶，微染色体维持蛋白（MCM）2，细胞分裂周期（CDC））20，细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂3，MCM3和CDC6，其mRNA水平在Oncomine SCLC数据集中上调，但MCM2除外。此外，重要模块中的基因富含'细胞周期'，'DNA复制'和'卵母细胞减数分裂'信号通路。因此，本研究可以为了解SCLC的分子机制提供新的思路，可为SCLC的治疗和早期诊断提供分子靶点和诊断生物标志物。

主要操作内容：

1、下载GEO数据

2、利用GEO2R工具做差异表达分析

这个工具还是很多文章用到了，不知道为什么还是这么多人嫌弃它，论文中不一定要出现热图，我们完全可以用表格替代