荧光定量（qPCR）结果整理的辅助小工具

写在前面

荧光定量（qPCR）早已是各个分子生物学实验室常用的简单的实验技术。十年的变化很大。10年前（我大一）到实验室时，常规的pcr都不舍得加多0.2ul的rTaq，更不提跑一个qPCR就烧掉大几百的荧光定量。伴随着测序成本的降低和科研经费支持的增加（主要是说我们小打小闹的单位），qPCR实验天天都做，天天都要处理和分析数据。

写这个小工具的动机

针对qPCR数据的分析方法有两种，其中一种即为 2deltadelta....（具体请参考荧光定量PCR的随机手册）。虽然事实上，每台机器应该都会有随机软件可以用于分析，但可能多数人还是并不习惯或者喜欢使用该些软件。或许主要原因是....用起来太麻烦。
三四年前，我记得我一直有喊师弟或者师妹去写一个脚本或者软件，这样会简化分析流程，可以省下很多时间。但或许，没有做过定量PCR的师弟或者师妹，并不会了解到，整理结果数据，是一件繁杂和痛苦的事情。
近期，硕士课题组的师兄和师妹希望能有一个相对便捷的，整理qPCR结果的工具，恰好家里网络出了点问题，我便随手写了一个。

小工具的使用

输入数据

需要的输入数据，只有三列，用制表符分隔，用户可以用Excel整理成以下形式，并另存为文本文件，或者直接新建一个txt文件，并黏贴进去后保存。

数据说明：

1. 第一行是标题行，可以省略

2. 第一列是样本名称

3. 第二列是看家基因的Ct值（比如Actin的...）

4. 第三列是关注的基因的Ct值

5. 示例数据中，每个样本是三个重复，而实际上可以无限个重复

6. 重复可以不放在相邻的行

注意，第一个样本，将会作为Control，亦即，可以预计，其计算结果为1

使用工具

打开工具

拖拽或者通过摁钮选择，设置输入文件

设置一个输出文件路径

点击Start即可得到结果

结果解读

如上图，结果文件中：

1. 第一行为标题行

2. 第一列为样本信息

3. 第三列为相对表达量均值

4. 第四列为标准差

直接输出图片

顺手把可视化的也写上，毕竟用Excel加个误差棒还是有点麻烦。

写一个没人写的，顺手加上一些可视化的功能，这样就有种闭环的感觉。

写在后面

很久很久没有更新了，主要原因是....暂时没有发现特别有用的，尤其是对我自己有用的功能。当然，课题组主要做实验的朋友，似乎也不需要新的什么工具。
课题课题....还是要继续想办法。