Label free蛋白质组定量技术

蛋白质非标记定量技术（label-free）是通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析，无需使用昂贵的稳定同位素标签做内部标准，只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据，比较不同样品中相应肽段的信号强度，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。与iTRAQ技术相比，Label-free的技术优势就在于蛋白质不需要昂贵的同位素标签进行标记，所需样品总量少，耗费低。Label-free技术可用于高通量的biaomarker筛选、蛋白质相互作用、蛋白质翻译后修饰等方面的定量比较分析。

常见问题

1.Label Free有哪些技术特点？ 
对液相色谱串联质谱的稳定性和重复性要求较高；无需昂贵的同位素标签作内部标准，实验耗费低；对样本的操作也最少，从而使其最接近原始状态，并且不受样品条件的限制，克服了标记定量技术在对多个样本进行定量方面的缺陷。

2.iTRAQ和Label Free各有哪些优缺点？ 
（1）iTRAQ优点：1. 不受样品来源制约，几乎可对各种样品进行标记；2.通量高，可同时标记 2-8 个样本；3.可信度高，标记试剂的报告离子的相对分子质量较低，质谱在低分子量区的定性和定量较为准确；4.可进行翻译后修饰分析。
缺点：1. iTRAQ几乎可以与样品中的所有蛋白质相结合，容易受到污染蛋白的影响；2. 试剂昂贵，操作繁琐。
（2）Lable Free优点：1.样品需求量低；2.操作简便，不受样品的来源与通道数目的限制;3. 单次实验可鉴定和定量更多的蛋白质。
缺点：1. 在提取离子信号强度之前，需要对原始数据进行预处理，比较复杂；2. 准确性低，依赖质谱稳定性，在蛋白丰度差距较大时，无标的区分效率较好