医学微生物专栏 | 近期最值得看的研究成果盘点（20210409）
Gstroenterology
科研∣ Gastroenterology：细菌群集运动对于肠道应激损伤的缓解作用
本文由宁静编译
美国阿尔伯特爱因斯坦医学院，遗传学与分子药理学系的Arpan De等人于2021年3月16日在Gastroenterology发表题为《Bacterial Swarmers Enriched during Intestinal Stress Ameliorate Damage》的文章。本文研究了细菌群集（Bacterial Swarmers）运动与肠道应激（Intestinal Stress）之间的关系，通过分离优势群集菌株，对结肠炎小鼠再接种，粪便16S，转录组分析以及研究体外微生物相互作用。发现从小鼠粪便中分离的新颖的肠杆菌群集菌株（Enterobacter swarming strain）SM3，可以富集肠道中的有益菌，类杆菌S24-7家族，对缓解肠道炎症具有重要作用。
摘要：背景和目的：细菌群集是指在表面的迁移运动，很少研究将细菌群集与人体的病理生理联系。本研究的目的旨在探究细菌群集运动对于肠道应激的缓解作用。
方法：我们开发了一种多种微生物琼脂平板试验（polymicrobial plate agar assay）的方法检测群集运动，筛选患有肠道应激和炎症的人群和小鼠。从化学诱导的结肠炎小鼠和患有炎症性肠病的人群中，开发了分离优势群集菌株的技术。选用群集运动缺陷，但是可以正常生长和移动的变异菌株为等基因对照，对患有结肠炎的小鼠进行再接种，取小鼠粪便进行16S，转录组分析，并对微生物体外相互作用进行研究。
结果：我们发现细菌群集对小鼠和人体的肠道应激反应具有高度的预测性。从小鼠粪便中分离了一种新颖的肠杆菌群集菌株，SM3。与他们的变异菌株相比，有SM3和其他的已知群集菌株的小鼠的肠道没有炎症反应。用SM3菌株处理结肠炎小鼠，富集了小鼠粪便中的有益的厌氧菌（类杆菌S24-7家族）。我们在体内粪便转录组中观察到SM3群集的相关通路。在体外，S24-7的生长在存在SM3或其突变体的情况下富集；然而，在体内，是SM3而不是突变体富集S24-7，我们得出结论，SM3在体内扩散中，群集运动起着重要作用。
结论：总的来说，我们的研究发现了一个新的但和日常认知不一样的例子，在这个范例中，肠道应激出现群集细菌，然而，这些细菌起到了治愈肠道炎症的作用。
原文：Bacterial Swarmers Enriched during Intestinal Stress Ameliorate Damage
译名：细菌群集运动对于肠道应激损伤的缓解作用
期刊：Gastroenterology
IF:17.373
发表时间：2021.3
通讯作者：Sridhar Mani
通讯作者单位：阿尔伯特爱因斯坦医学院
DOI号：10.1053/j.gastro.2021.03.017
原文链接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0016508521005242
图文摘要
科研| Gastroenterology：粪便真菌菌群结合宿主免疫因子鉴别艰难梭状芽胞杆菌感染与无症状携带者
本文由史春丽编译
中国西北农林科技大学动物科技学院曹春阳等人于2021年3月5日在Gastroenterology发表题为《Fecal Mycobiota Combined with Host Immune Factors Distinguish Clostridioides difficile Infection from Asymptomatic Carriage》的文章。本研究通过收集118名住院患者（艰难梭状芽孢杆菌感染（Clostridioides difficile Infection，CDI）患者58名、无症状感染者28名、对照组32名）的粪便样本，使用Illumina HisSeq平台进行高通量测序，以此评估真菌的组成及CDI患者与携带者的粪便菌群的差异，并与人类的免疫因子进行相关性分析，从而为利用肠道菌群来诊断CDI感染提供了可能性。除此之外，本研究发现并强调了肠道菌群在CDI中的重要性，这使其对该疾病的诊断及治疗潜力提供了重要的借鉴意义。
摘要：虽然肠道微生物在艰难梭状芽孢杆菌感染（Clostridioides Difficile Infection，CDI）中的作用已被证实，但对其在CDI中的作用知之甚少。本文献主要以确诊的CDI患者、携带者及健康对照组这三类人群的粪便为研究对象，并对粪便的DNA内转录间隔2区进行测序，以评估真菌的组成。通过α多样性分析、排序分析、差异丰度分析、真菌相关网络分析和分类分析中发现，CDI患者与携带者的α、β多样性具有显著性的差异（P<0.05）。差异丰度分析鉴定发现，分子孢子菌属（Cladosporium）和曲霉菌属（Aspergillus）较丰富的存在于携带者中。CDI患者子囊/担子菌比例明显高于携带者和对照组（P<0.05）。CDI患者宿主免疫因子与特征菌群的相关性弱于携带者。在其相关性分析结果中发现，4种真菌OTUS可以结合6种宿主免疫标记物，使其在区分CDI患者和携带者方面提供了较强的说服力（AUC~92.38%）。本研究发现了粪便真菌与宿主免疫因子相结合的特异性标记，这为区分CDI患者和携带者方面具有重要的借鉴意义。
关键词：艰难梭状芽孢杆菌、诊断、肠道菌群、免疫反应
原名：Fecal Mycobiota Combined with Host Immune Factors Distinguish Clostridioides difficile Infection from Asymptomatic Carriage, China
译名：粪便真菌菌群结合宿主免疫因子鉴别艰难梭状芽胞杆菌感染与无症状携带者
期刊：Gastroenterology
IF：17.373
发表时间：2021.03.05
通讯作者：陈新华
通讯作者单位：美国马萨诸塞州波士顿哈佛医学院贝丝以色列女执事医学中心医学系消化内科
DOI号：10.1053/j. gastro.2021.02.069
原文链接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0016508521004753
图文摘要
Gut Microbes
综述| Gut Microbes：老话题，新思考——肠道炎症与能量获取失衡
本文由Swing编译
肠道微生物与宿主息息相关，他们参与调控、重新分配能量物质，并介导生理上重要的生化反应。众所周知，炎性肠病（IBD）的特征之一是肠道菌群结构及功能失调，并且伴有肠黏膜屏障功能的损伤，这与肠黏膜能量失衡相关。2021年2月15日，美国科罗拉多大学医学院Sean P Colgan等人在Gut Microbes发表题为《Intestinal Inflammation as a Dysbiosis of Energy Procurement: New Insights into an Old Topic》的文章。通过文献回顾，作者从微生物来源的代谢产物与宿主健康的关系，微生物群与宿主肠黏膜上皮细胞能量交换的途径（包括丁酸盐、酪胺及肌酸的代谢途径），溃疡性结肠炎（UC）患者微生物群-宿主能量交换破坏的状况，以及未来益生菌和粪菌移植（FMT）治疗IBD的研究方向等几方面，深入讨论宿主和微生物来源的代谢产物所构成的能量交换在肠道内稳态的维持和疾病缓解中的作用。作者认为，肠道内稳态需要微生物群种类及其代谢产物之间的平衡。健康的微生物群能产生对肠道功能至关重要的微生物代谢物。与之相反，菌群失调则会造成能量失衡，如短链脂肪酸（SCFA）代谢紊乱，以及肠黏膜屏障功能损伤，进一步导致疾病的发生。
摘要：炎性肠病（IBD）患者同时存在肠道微生物和代谢能（metabolic energy）供求关系的显著改变。据解剖学定位，胃肠道上皮细胞层为腔内厌氧微生物群和宿主胃肠道固有层之间提供了一个选择透过性的屏障，并且微生物和上皮细胞都参与了维持稳态所需的复杂能量交换。黏膜屏障的维护和修复需要高能量通量，并且对于产生ATP的可利用底物有很高的要求。最近人们认识到，微生物群的构成对黏膜内外的多种生化途径有显著的影响。数十年来的研究已经发现，肠道微生物的副产物为肠黏膜上皮细胞，特别是为结肠黏膜上皮细胞提供了重要的能量来源。近期研究也揭示了许多微生物来源的代谢产物，这些代谢产物为肠黏膜获能提供支持。目前认为，与疾病相关的肠道微生物改变，亦称为菌群失调，可使黏膜上皮细胞的能量获取需求增大。本文中我们将回顾来源于宿主及微生物的代谢小分子物质在健康和疾病状态下对肠黏膜组织能量的影响。
关键词： 新陈代谢；微生物群；炎症；结肠炎；上皮细胞；丁酸盐；肌酸；嘌呤
原名：Intestinal Inflammation as a Dysbiosis of Energy Procurement: New Insights into an Old Topic
译名：老话题，新思考——肠道炎症作为能量获取失调的原因
期刊：Gut Microbes
IF：7.74
发表时间：2021.2.15
通讯作者：Sean P Colgan
通讯作者单位：美国科罗拉多大学医学院
DOI号：10.1080/19490976.2021.1880241
原文链接：
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19490976.2021.1880241
综述| Gut Microbes：从膳食纤维到唾液酸，碳水化合物大小不一：聚糖如何影响肠道微生物群并影响人类健康
本文由Young Hearts编译
美国加利福尼亚大学圣地亚哥分校儿科系的Karsten Zengler 等人于2021年2月21日，在Gut Microbes上发表题为《Carbohydrates great and small, from dietary fiber to sialic acids: How glycans influence the gut microbiome and affect human health》的综述文章。碳水化合物对肠道微生物群的影响是细微的，从较大的碳水化合物，到单个单糖甚至单个单糖的修饰变化都可以影响肠道微生物群的变化。在这篇综述中，详细介绍了膳食聚糖如何影响人类肠道微生物群的结构和功能以及对人类疾病的影响。研究者首先概述了碳水化合物对肠道微生物群组成和代谢活性的广泛影响。然后重点研究唾液酸（一种特殊的单糖类）在塑造肠道微生物群中的作用。
摘要：肠道菌群的组成严重依赖于饮食，与人类健康密切相关。膳食碳水化合物通过为特定的微生物提供有效的营养来源来塑造肠道微生物群。本文综述了膳食碳水化合物（包括单糖和复合多糖）对肠道微生物群以及对宿主健康和疾病的影响。复杂的植物碳水化合物，如膳食纤维，通常促进微生物产生有益于宿主的化合物，同时防止结肠粘液降解宿主碳水化合物。相比之下，简单易消化的糖（例如葡萄糖）通常与对健康和微生物组的不利影响有关。唾液酸是一种突出的和有影响力的单糖。唾液酸类单糖对肠道微生物群产生强大但又细微的影响。唾液酸的消耗（以单糖形式，或作为人乳低聚寡糖或某些动物性食品的一部分）可驱动具有唾液酸代谢能力生物体的生长。最常见的唾液酸形式Neu5Ac（N-乙酰神经氨酸）的微小化学修饰即可改变这些效应。因此，当设计饮食治疗策略以改变肠道微生物组群时，碳水化合物组成的所有方面都需要考虑。
关键词：碳水化合物、聚糖、饮食、纤维、唾液酸类、Neu5Gc（N-羟乙酰神经氨酸）、黏蛋白型O-聚糖、人乳低聚寡糖
原名：Carbohydrates great and small, from dietary fiber to sialic acids: How glycans influence the gut microbiome and affect human health
译名：从膳食纤维到唾液酸，碳水化合物大小不一：聚糖如何影响肠道微生物群并影响人类健康
期刊：Gut Microbes
IF：7.74
发表时间：2021.02.21
通讯作者：Karsten Zengler
通讯作者单位：美国加利福尼亚大学圣地亚哥分校儿科系
DOI号：10.1080/19490976.2020.1869502
原文链接：
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19490976.2020.1869502
科研| Gut microbes：不同种族肥胖儿童口腔和肠道微生物群差异分析
本文由小胖子编译
美国梅奥医学中心免疫学系Veena Taneja 等人于2021年2月17日在Gut microbes发表题为《Ethnic variability associating gut and oral microbiome with obesity in children》的文章，本研究基于16S rDNA测序技术，对美国2个不同民族肠道和口腔的微生物菌群进行差异性分析。结果证明了欧洲裔美国儿童（EA）肥胖和肠道菌群相关，非洲裔美国儿童（AA）肥胖与口腔菌群相关。这些数据说明了解决不同种族的肥胖问题需要不同的方案。本研究对微生物生态研究中不同民族、人体不同部位微生物群落的差异分析具有重要的借鉴意义，为肥胖与肠道菌群研究提供新思路。
摘要：肥胖是一个日益严重的全球性问题，始于生命的早期，对美国少数民族的影响比白人更大。因此，当物之急是确定哪些因素可以作为肥胖的指标靶点。在本研究中，我们尝试建立一个可以预测非洲裔美国儿童（AA）和欧洲裔美国儿童（EA）肥胖状态的口腔和肠道微生物群演化支图谱。在2个种族中，基于16S rDNA测序所得的肠道和唾液微生物图谱均与唾液淀粉酶、社会经济因素(如教育和家庭收入)和肥胖相关。非洲裔美国儿童（AA）和欧洲裔美国儿童（EA）在α多样性，β多样性及分类群水平上存在显著差异。在欧洲裔美国儿童（EA）中肠道微生物多样性无明显差异，而在非洲裔美国儿童（AA）中，肠道微生物的克雷伯氏菌属（Klebsiella）和 巨型球菌属（Magasphaera）的丰度和肥胖相关。欧洲裔美国儿童（EA）口腔微生物的伴放线菌团聚杆菌（Aggregatibacter）和艾肯菌属（Eikenella）的丰度与肥胖相关。这些研究结果揭示了与肥胖相关的口腔肠道微生物谱的特定菌种。社会经济因素影响了不同种族的肥胖儿童的微生物群，这说明需要具体方法去解决不同种族肥胖问题。
关键词：微生物、少数民族、肥胖、差异、社会经济因素
原名：Ethnic variability associating gut and oral microbiome with obesity in children.
译名：不同种族肥胖儿童口腔和肠道微生物群差异分析
期刊：Gut microbes
IF：7.74
发表时间：2020.2.17
通讯作者：Veena Taneja
通讯作者单位：美国梅奥医学中心免疫学系
DOI号：10.1080/19490976.2021.1882926
原文链接：
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19490976.2021.1882926
科研| Gut Microbes : 肠道微生物塑造上皮细胞缺陷小鼠的炎症反应
本文由柏溪编译
澳大利亚昆士兰大学转化研究所Sumaira Z Hasnain等人于2021年2月28日在Gut Microbes发表题为《Gut microbiota shape the inflammatory response in mice with an epithelial defect》的文章，本研究通过使用Muc2基因突变的Winnie 小鼠，发现了Winnie结肠炎的发展和结肠蛋白错误折叠与肠道微生物群相关。通过比较常规和无菌条件下的小鼠，证实了Winnie小鼠自发性结肠炎的全面发展需要微生物群。基于定量逆转录聚合酶链反应，苏木精-伊红染色，原代细胞离体培养，免疫组化法和免疫荧光法，笔者解释了蛋白质错误折叠的遗传易感性如何与微生物群结合，从而导致进行性屏障衰竭和炎症。
摘要：肠道上皮细胞内质网（ER）应激与肠道炎症有关。然而，内质网应激是炎症的引发因素还是炎症的反应，目前还不清楚。为了确定微生物群对Winnie结肠炎的发展是否为必要因素，以及肠道蛋白质的错误折叠是否可以在没有微生物的情况下直接引发炎症。我们采用了体内携带可导致肠杯状细胞内质网应激，从而发展为自发性结肠炎，降低粘液屏障以及增加细菌易位的Muc2突变基因Winnie小鼠。为了评估微生物群在驱动Winnie结肠炎中的作用。我们将WT（野生型）和Winnie小鼠放入Trexler（特雷克斯勒）型软边隔离器中置于无菌环境中饲养。研究人员评估了这些小鼠的结肠炎表型，并对WT和Winnie小鼠进行了比较。我们发现，在无菌条件下，Winnie结肠炎明显缓解，与炎症细胞因子相关的基因的表达降低，内质网应激也有所减轻。RNA-Seq显示，与WT相比，Winnie小鼠结肠降低了炎症反应负调节因子的表达。另外，Mip2a趋化因子表达的升高，增加了Winnie小鼠的上皮细胞对刺激的敏感性。我们的结果表明肠上皮蛋白错误折叠能够在没有微生物群的情况下引发炎症反应，而对未折叠的蛋白质无影响。肠道菌群是加剧Winnie小鼠结肠炎发生的必要因素，分泌细胞中粘液蛋白错误折叠的遗传易感性引发了轻微的炎症信号。
关键词：微生物群；上皮细胞；无菌；炎症；黏蛋白
原名：Gut microbiota shape the inflammatory response in mice with an epithelial defect
译名：肠道微生物塑造上皮细胞缺陷小鼠的炎症反应
期刊：Gut Microbes
IF：7.740
发表时间：2021.2.28
通讯作者：Sumaira Z Hasnain
通讯作者单位：澳大利亚昆士兰大学转化研究所
DOI号：10.1080/19490976.2021.1887720
原文链接：
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19490976.2021.1887720
科研| Gut Microbes：在更年期所引起的动脉粥样硬化的发展过程中，肠道菌群表现出特定的成分变化，并与循环脂质代谢产物显著相关
本文由NemoM2编译
南京中医药大学孟庆海等人于2021年3月11日在Gut Microbes发表题为《The gut microbiota during the progression of atherosclerosis in the perimenopausal period shows specific compositional changes and significant correlations with circulating lipid metabolites》的文章，文中作者切除高脂饮食诱导的ApoE-/-小鼠卵巢并回补，发现雌激素的存在与小鼠的肠道菌群，以及其脂代谢存在显著相关性，雌激素的回补可以有效逆转切除卵巢引起的肠道菌群破坏以及脂代谢紊乱。本研究表明，雌激素的正常表达可能对肠道细菌和脂质代谢产生有益作用。
摘要：更年期会使动脉粥样硬化（Atherosclerosis, AS）加剧，这会显著增加心血管疾病的发病率。目前已知AS或更年期会引起肠道菌群的变化，但菌群的具体改变目前仍未探明。目前学界认为脂质代谢异常主要是AS的原因，因此关于脂质代谢异常与肠道菌群破坏之间的关系的研究较少。在本研究中，我们对高脂饮食（High-Fat Diet , HFD）喂养的ApoE -/-小鼠进行了卵巢切除术并补充了雌激素。我们发现，卵巢切除的HFD喂养的ApoE -/-小鼠表现出显著的AS损伤、肝脂质损伤、高脂血症以及脂质代谢、运输相关酶的变化。在使用HFD喂养的ApoE -/-小鼠血浆后，被摘除卵巢的ApoE -/-小鼠的某些脂质代谢物的丰度明显高于未摘除卵巢的ApoE -/-小鼠，其中包括胆固醇酯，甘油三酸酯，磷脂和其他类型的脂质（游离脂肪酸，酰基肉碱，鞘磷脂和神经酰胺）。雌激素的施用显著降低了大多数脂质代谢物的含量。相比于未摘除卵巢的HFD-ApoE-/-小鼠，卵巢摘除组的肠道菌群的成分和多样性表现出显著变化。相比之下，通过补充雌激素，卵巢摘除后的HFD-ApoE-/-小鼠的肠道微生物群的多样性和组成得以恢复，并接近未接受卵巢切除的HFD喂养的ApoE -/-小鼠水平，且某些细菌的相对丰度甚至接近正常饮食组的C57BL/6小鼠水平。另一方面，通过向卵巢切除的HFD喂养的ApoE -/-小鼠移植正常饮食的C57BL / 6小鼠的粪便，可以纠正高脂血症和AS损伤，并可以逆转卵巢切除所引起的HFD-ApoE-/-中脂质代谢组学的改变。并且，向切除卵巢的HFD喂养的ApoE -/-小鼠移植给予了雌激素治疗的卵巢切除的HFD-ApoE -/-小鼠移植粪便后，也观察到了这些现象。此外，肠道菌群与脂质代谢产物表现出的高度相关性，表明血清脂质的变化可能与更年期期间肠道菌群的破坏有关。总之，更年期所引起的AS，在其发展过程中的肠道菌群表现出特定的组成变化，并表现出与循环脂质代谢产物显著相关。补充雌激素可能对肠道细菌和脂质代谢产生有益作用。
关键词：动脉粥样硬化；更年期；肠道微生物；脂质代谢组；ApoE -/-小鼠
原名：The gut microbiota during the progression of atherosclerosis in the perimenopausal period shows specific compositional changes and significant correlations with circulating lipid metabolites
译名：在更年期所引起的动脉粥样硬化的发展过程中，肠道菌群表现出特定的成分变化，并与循环脂质代谢产物显著相关
期刊：Gut Microbes
IF：7.74
发表时间：2021.3.11
通讯作者：卞慧敏
通讯作者单位：南京中医药大学药学院
DOI号：10.1080/19490976.2021.1880220
原文链接：
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19490976.2021.1880220
mSystems
科研| mSystems：回肠袋囊肛门症和克罗恩病患者中肠道微生物代谢基因失调的相似性
本文由李雅楠编译
以色列什穆尼斯生物医学与癌症研究学院Uri Gophna等人于2021年3月2日mSystems发表题为《Dysbiosis in Metabolic Genes of the Gut Microbiomes of Patients with an Ileo-anal Pouch Resembles That Observed in Crohn's Disease》的文章，本研究通过鸟枪式宏基因组测序、建立数据库、筛选基因组以及对关键细菌功能粘蛋白降解糖苷水解酶进行分析。成功的探索出引起结肠袋炎发病机制的微生物和功能因素，并可能有针对性的干预建议，结合饮食变化等来减轻结肠袋炎和CD的小肠炎症。另外结合微生物的生物标志物可能会被整合到诊断工具中，以帮助临床决策。
摘要：克罗恩病（CD）、溃疡性结肠炎（UC）和结肠袋炎属于多因素慢性炎症性肠病（IBD）。前UC患者在做全结直肠切除和回肠袋肛管吻合术后一般会伴随由先前正常的小肠发炎引起的结肠袋炎。结肠袋炎中微生物功能的改变（生物失调）类似于CD或UC患者，但是目前还没有被研究过，所以对其发病机制还不清楚。我们收集了69名患者的208个粪便中的宏基因组，并将它们与CD患者（n=88）、UC患者（n=76）和健康人（n=56）粪便中的宏基因组进行了比较。结肠袋炎患者因为肠道发炎导致其中种类、代谢途径和酶方面病变程度最高。胃瘤胃球菌（Ruminococcus gnavus）编码粘蛋白降解糖苷水解酶的菌株在结肠袋炎中高度富集。丁酸盐和次级胆汁酸的生物合成途径在IBD表型中减少，在结肠袋炎中很低。CD中存在肠杆菌科（Enterobacteriaceae）编码的氨基酸生物合成、降解芳香族化合物和糖降解等途径，但在UC中未见。我们开发了基于微生物特征的分类器，可以区分正常结肠袋和结肠袋炎患者，并识别预测引起结肠袋炎的菌种和基因。我们认为，非发炎的结肠袋与CD是相似的。我们本次研究概述了结肠袋炎的发病机制，并提出了肠道菌群和其功能可以作为干预措施来减轻结肠袋炎和CD中存在的小肠炎症。
关键词：结肠袋炎，UC，CD，粘蛋白，丁酸盐，胆汁酸，氧化应激，分类器，克罗恩病，微生物群，溃疡性结肠炎
原名：Dysbiosis in Metabolic Genes of the Gut Microbiomes of Patients with an Ileo-anal Pouch Resembles That Observed in Crohn's Disease
译名：回肠袋囊肛门症和克罗恩病患者中肠道微生物代谢基因失调的相似性
期刊：mSystems
IF：6.633
发表时间：2021.03.02
通讯作者：Uri Gophna
通讯作者单位：以色列什穆尼斯生物医学与癌症研究学院
DOI号：10.1128/mSystems.00984-20
原文链接：
https://msystems.asm.org/content/6/2/e00984-20
Antimicrobial Resistance & Infection Control
科研| Antimicrobial Resistance & Infection Control：抗生素治疗导致院内相关病原体在肠道微生物组中的出现
本文由陈勇编译
美国马里兰州食品药品监督管理局药物评估与转化研究中心Zhihua Li等人于2021年2月15日在Antimicrobial Resistance & Infection Control发表文章《Emergence of nosocomial associated opportunistic pathogens in the gut microbiome after antibiotic treatment》。病人在住院期间感染院内菌株的致死率大约为百分之十，院内感染中最为常见的是尿路感染。最新研究表明口服抗生素治疗非院内病原菌感染，比如尿路感染，与院内二次感染之间存在一定的联系，并且院内感染病原菌大部分为多重耐药菌株，例如Acinetobacter calcoaceticus /baumannii（醋酸钙不动杆菌/鲍曼不动杆菌）复合体、Clostridioides difficile（艰难梭菌）。为了研究抗生素的使用对尿路感染小鼠动物模型肠道菌群的影响，以对院内病原菌感染的影响。本文利用NGS测序技术、宏基组组装、物种鉴定分析流程对使用抗生素和不使用抗生素的两组尿路感染小鼠模型的粪便进行分析。
摘要：根据疾病控制中心2015年的院内感染相关调查研究表明，每31例住院患者中就会出现1位患者感染至少一种院内病原菌。尽管很多研究认为抗生素的使用与院内感染的发生存在联系，但是到目前为止很少有直接的证据证明抗生素的使用会影响院内感染病原菌的种类。本文的研究的目的是通过研究抗生素氨苄西林、环丙沙星、磷霉素的使用对尿路感染小鼠动物模型肠道微生物菌群组分的影响，证明抗生素的是否对病原菌具有选择性。研究表明相比于抗生素治疗组，抗生素的治疗会造成肠道微生物物种组分降低至少20倍，并且抗生素治疗组的小鼠肠道菌群中出现大量的院内病原菌，例如Acinetobacter calcoaceticus /baumannii（醋酸钙不动杆菌/鲍曼不动杆菌）复合体, Chlamydia abortus, Bacteroides fragilis（脆弱拟杆菌）, Bacteroides thetaiotaomicron（多形拟杆菌）。此外，抗生素的使用造成抗生素抗性基因在一些亚群中的增加。该项研究表明抗生素治疗后的病原菌相比于治疗前的病原菌含有更多的抗性基因，另外抗生素的治疗会造成肠道菌群失衡、病原菌群的扩大以及诱导耐药菌群的出现。本文研究发现后续还需要更大的样本量和临床研究去证实。
关键词：抗生素耐药、宏基因组、院内感染、微生物组、抗生素治疗
原名：Emergence of nosocomial associated opportunistic pathogens in the gut microbiome after antibiotic treatment
译名：抗生素治疗导致院内相关病原体在肠道微生物组中的出现
期刊：Antimicrobial Resistance & Infection Control
IF：3.594
发表时间：2021.02.15
通论作者：Zhihua Li
通讯作者单位：美国马里兰州食品药品监督管理局药物评估与转化研究中心
DOI号：10.1186/s13756-021-00903-0
原文链接：
https://aricjournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13756-021-00903-0#citeas
Cellular Microbiology
综述| Cellular Microbiology：肌醇多聚磷酸盐-蛋白质相互作用：微生物致病性的原因
本文由多样性编译
澳大利亚韦斯特米德医学研究所传染病和微生物中心Sophie Lev等人于2021年03月15日在Cellular Microbiology 发表题为《Inositol polyphosphate-protein interactions: implications for microbial pathogenicity》的文章，本文综述了肌醇多聚磷酸盐IPs介导的真核生物（包括微生物病原体）调控的复杂性，如IPs调节染色质重塑；IP与磷脂酰肌苷竞争与pH结构域的结合；IP在转录和细胞周期调控中扮演变构调节因子和分子间稳定因子；IP在HIV致病性中扮演分子间稳定剂的角色；IP调节钙稳态等。IPs和PP-IPs是多亚基复合物的关键成分，它们作为分子间粘合剂可使复合物稳定或调节复合物的活性，并且利用稳定的、合成的、共轭的IP类似物和复杂的质谱技术浓缩和检测IP靶蛋白，这种方法的利用将加速发现更多新的IP靶点以及阐明在细胞功能中IP和靶蛋白的相互作用机制。
摘要：肌醇多聚磷酸盐（Inositol polyphosphates, IPs)和肌醇焦磷酸盐（inositol pyrophosphates, PP-IPs) 可调节真核细胞的多种细胞过程。IPs和PP-IPs带有大量的负电荷，通过与特定的靶蛋白相互作用发挥其生物学效应。主要在哺乳动物细胞和酵母模型中进行的研究表明，IPs和PP-Ips可通过促进分子内和分子间的稳定，以及通过从焦磷酸盐 (PP) 基团中向靶蛋白提供一个磷酸盐，进行变构调节从而调整靶蛋白的功能。遗传学技术的进步拓展了微生物病原体的IP功能研究，也证明了阻断PP-IP的生物合成和PP-IP-蛋白的相互作用对微生物致病性有深远的影响。本文综述IPs介导的真核生物 (包括微生物病原体) 调控的复杂性，同时强调了某些情况下，尽管在真核生物蛋白质组中存在保守的IP结合域，IP-蛋白的相互作用仍然很低。
原文：Inositol polyphosphate-protein interactions: implications for microbial pathogenicity
译名：肌醇多聚磷酸盐-蛋白质相互作用：微生物致病性的原因
期刊：Cellular Microbiology
IF：3.430
发表时间：2021.03.15
通讯作者：Julianne Teresa Djordjevic
通讯作者单位：澳大利亚韦斯特米德医学研究所传染病和微生物中心
DOI号：10.1111/cmi.13325
原文链接：
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/cmi.13325
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