ISME | 健康成人肠道微生物驻留与肠杆菌科的再思考
推荐：江舜尧
编译：野草
编辑：董小橙
美国学者Seth T. Walk等人于2019年5月14日在《The ISME Journal》上发表题目为《Rethinking gut microbiome residency and the Enterobacteriaceae in healthy human adult》的文章。该文章基于培养/基因歧视和以及16S rRNA测序的操作分类单位/扩增序列变异水平，向我们呈现了一项健康成年人类的小型纵向队列研究的结果（8名参与者），在克隆子水平鉴定肠道微生物群的静态和动态成员。
文章摘要
通常使用群落水平上的、基于序列的方法生成的人体肠道微生物组数据集中被报道存在一组长存的“常驻”分类单元，这些分类单元很少(如果有的话)缺失。这一结果与基于种群水平的按月至年计算的常驻菌群结果更替形成了反差。作者假设，这些结果之间的差异是由于相对缺乏同时在群落和种群水平上对人类肠道微生物群的鉴定。在这里，该研究基于培养/基因歧视和以及16S rRNA测序的操作分类单位/扩增序列变异水平，向我们呈现了一项健康成年人类的小型纵向队列研究的结果（8名参与者），在克隆子水平鉴定肠道微生物群的静态和动态成员。我们提供的证据表明，在肠杆菌科常见肠道微生物群系的克隆菌群中几乎没有“稳定性”。考虑到克隆子在基因组含量上有很大的差异，而且进化过程在种群水平上进行，这些结果在更高的分类学水平上质疑了表观稳定性的生物学相关性。
文中主要图片说明
图1 | 基于16S rRNA测序的OTU分析。
图2 | 微生物OTU和扩增序列变异数分布。
图3 | 基于PCR检测确定肠杆菌科克隆的存在。
图4 | 利用平均值评估肠杆菌科菌群克隆子数。
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