从ncRNA-eQTL谈重复性工作代码的重要性

数据库介绍

本来进行时打算介绍 ncRNA-eQTL(http://ibi.hzau.edu.cn/ncRNA-eQTL/)数据库,但是打开数据库的时候,发现数据库的界面是这样的。
当时就感觉这个页面怎么这么熟悉,看着标题,怎么感觉和之前介绍的SNP2APA数据时一样的感觉。
所以后来就断定了这应该是一个团队做出来的了。后来又去查了查相关的文献,那就基本上是一个团队写了的。不由得十分佩服,20年的年初就两篇十分文章到手,也是很是开心的呀。
所以对于 ncRNA-eQTL 数据的介绍,也就基本上没有什么介绍的了。所有基本的使用方法,以及对于QTLs的介绍可以详见另外的那个帖子。我们其实只需要知道说:这个数据库利用TCGA的数据构建的,其可以用来查找SNP对于ncRNA(lncRNA以及miRNA)表达调控的影响。如果需要用到的可以来这个查找相关的信息,可以使用这个数据库。
絮絮叨叨
由于这个帖子对于数据库的介绍,如此的短,所以我扯点儿别的,通过上面的两个文章见到的来说一下在重复性工作当中代码中重要性。
我们公众号成立的目的其实主要还是想给大家介绍一些目前网上他人发表的的数据库,这样对于不会编程的科研工作者来说,可以更好的利用高通量测序的一些结果,进而更加方便大家进行科学研究。出于这样的目的,我们也一直在避免给大家介绍关于一些编程代码相关的东西。
但是,有时候总是会发现学习一些代码的必要性。代码化的工作或者处理数据可以更加的效率工作。就比如我要在word里面打两篇内容相似,只是中间有一些词语微调的文章,我们要做的肯定是打出其中一篇,然后把这一篇复制+粘贴,然后微调另外一篇文章。肯定不会有人打完一篇文章,再从头再打第二篇的吧?这个只是简单的办公小技巧,很多时候使用代码编程起到就是减少重复性工作的目的。
拿👆两个差不多的数据库而言。一个网页形式的数据库的就是用编程代码来进行写出来的,由于两个数据库基本布局都差不多了,所以构建布局的代码都差不多。由于算法用的也是一样的,所以算法的代码其实也是基本没变的。主要的区别还是在于两个数据库使用的数据不一样(一个使用的是ncRNA的数据而另外一个使用的则是APA事件的数据)。由于主要分析和页面的代码基本都差不多,这个也就造就了,可以很快而且几乎都同时在一个杂志上发表两篇数据库文章。
既然代码这么方便,那推荐学嘛?这个得看人,我们一般把编程工具叫做什么语言,比如R语言、python语言、C语言等等。既然叫做语言了,那其实就是和类似于英语一样的。大家对于英语的学习难道是一两天能学会的?完全都是靠时间慢慢的堆出来的。所以如果有精力的情况下,可以试着去学一下试试,觉得感兴趣可以继续学下去。要是没有精力,那就算了。现在社会是一个合作性的社会,并不一定要样样精通的。作为一个临床医生,有临床信息和样本;作为基础科研工作者,可以进行下游的基础实验,利用自己的优势和其他编程的人合作就可以的。所以为什么一定要学编程呢?
好了,今天就絮叨到这里。如果哪天有帖子还是短了,可以在和大家絮叨絮叨别的东西。
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