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国家税务总局福建省12366纳税服务中心答复：若是因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失，进项税额不得从销项税额中抵扣。
文件依据：
一、根据《中华人民共和国增值税暂行条例》(中华人民共和国国务院令第691号)第十条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：(一)用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产;(二)非正常损失的购进货物，以及相关的劳务和交通运输服务;(三)非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物(不包括固定资产)、劳务和交通运输服务;(四)国务院规定的其他项目。
二、根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)文件附件一《营业税改征增值税试点实施办法》第二十七条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：(一)用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。其中涉及的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目的固定资产、无形资产(不包括其他权益性无形资产)、不动产。纳税人的交际应酬消费属于个人消费。(二)非正常损失的购进货物，以及相关的加工修理修配劳务和交通运输服务。(三)非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物(不包括固定资产)、加工修理修配劳务和交通运输服务。(四)非正常损失的不动产，以及该不动产所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。(五)非正常损失的不动产在建工程所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。纳税人新建、改建、扩建、修缮、装饰不动产，均属于不动产在建工程。(六)购进的贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务。(七)财政部和国家税务总局规定的其他情形。本条第(四)项、第(五)项所称货物，是指构成不动产实体的材料和设备，包括建筑装饰材料和给排水、采暖、卫生、通风、照明、通讯、煤气、消防、中央空调、电梯、电气、智能化楼宇设备及配套设施。本通知附件规定的内容，除另有规定执行时间外，自2016年5月1日起执行。
纳税人接受贷款服务向贷款方支付的与该笔贷款直接相关的投融资顾问费、手续费、咨询费等费用，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
三、根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1《营业税改征增值税试点实施办法》规定：“……非正常损失，是指因管理不善造成货物被盗、丢失、霉烂变质，以及因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除的情形。”