净慈寺最早叫“慧日永明院”，是五代十国时期后周显德元年(954年)吴越王钱谬为永明禅师所建。永明(904-975年)本姓王，名延寿，字冲元。自幼信佛。永明禅师佛学造诣很高，著作甚丰，主持杭州灵隐寺、六合塔的修建，并创建净慈寺，成为净慈寺的开山祖师。今北京香山碧云寺罗汉堂也供奉着永明禅师像。
北宋时，净慈寺名僧接踵，大德辈出，有的成为佛教禅宗一代宗师。宋初有“两寿”，即延寿和洪寿，均师法于德韶，兴教于南屏，其佛学教观盛行于当时。继“两寿”之后，又有圆照宗本和大通善本相继住持净慈寺，世称之为“大小本”。他们都曾遍访名山，弘扬禅宗佛法，而且都先后成为北宋京都开封的高僧。宋神宗曾赞圆照宗本为“真福慧僧”、“僧中宝”，要他“方兴禅宗，宜善开导”。大通善本为汉董仲舒后裔，也被尊为“大通师”。正是由于这些高僧住持，才使“名蓝有光”；受到宋王朝的重视。北宋统一中国后，宋太宗于太平兴国二年（977年）赐慧日永明院为“寿宁禅院”，并重加修葺。
翌年（978年），吴越王钱弘俶听从延寿禅师遗嘱，“上表入宋，尽献十三州之地”。后人评钱弘俶之举时称：“重民轻土，舍别归总，用师之劝谕也“（《大明统志》）。由此，朝廷对净慈寺格外青眼相待。天禧二年（1018年），宋真宗曾特赐寿宁禅院铜毗卢迦佛像等。从此，诸多达官名流纷纷与佛门弟子结为方外之交。
延寿禅师所著《心赋》由吴越王钱弘俶之子钱惟善撰序。延寿弟子法涌在校《宗镜录》时，就由尚书郎中杨杰为序。历代杭郡州官大多与寿宁院僧人往来莫逆，互相唱和，参佛论经，甚至蹉商政事。如雷峰慧才法师逝世后，时为杭州知府的赵抃（即赵阅道）在寿宁禅院见其壁间画像，不禁黯然神伤，他题诗云：白鹤丛林古梵宫，壁间留像见真风。忆师去岁雷峰别，只似南柯一梦中。
圆照宗本原在苏州住持瑞光寺，经杭州二任郡守陈襄、苏轼相邀，最后经上疏奏准才来杭住持寿宁院。苏轼治杭时，对佛门好友至为关切，曾抱病探访圆照宗本，并和大通善本长老，楚明宝印（后为该寺十三代住持）、法涌（延寿弟子）、臻谦（即梵臻法师）等“参请最契”，还常在一起商谈竣湖救荒善策。他曾请法涌进京“继扬宗法”。熙宁五年（1072年），臻谦由朝廷诏命居寿宁院，苏轼“以师敬事之”，相交甚厚；苏轼元祐时第二次来杭任知州，闻臻谦已逝，不胜伤感。在《东坡志林》中，苏轼对这些僧人都各有评价，对圆照特别推崇，称其为“志行若卓，教法通洽，昼夜行道二十余年，自辨才归寂，道俗皆宗之”。所说之辨才，即上天竺寺住持元净，也是寿宁院第十八代住持。他和赵抃、苏轼以及诗僧道潜（即参寥子）等均曾反对王安石变法，受过牵连和迫害。
释迦殿有二个匾额“释迦殿”、“巍魏宝相”。
释迦殿门楹联：西湖揽胜观山水声色婆娑境相不垢不境，南屏坐忌泰眼耳根尘世界诸有非色既空。
释迦殿内
释迦殿地上主殿内，供奉的是释迦牟尼佛坐像。
坐像两边楹联：世尊说偈言不妄语者不异语者，如来有慧眼悉知是人悉见是人。
一侧好像是财神的佛像
另一侧是四大天王木雕。四大天王雕塑以须弥山为主体，底部为七山七海，中间四大天王，顶部为忉利天，现释迦佛为母说法的情景。
释迦殿东侧
一个方亭
紧靠山体出有一简易木亭，里面有一尊白色大理石济公像。
往前走
南无阿弥陀佛碑，在往前走。
在净慈寺后院，还保存着宋代高僧如净禅师墓塔。
南宋嘉定年间，曹洞宗第十三代祖如净曾两度来杭住净慈寺。如净原在雪窦寺出家，从智鉴学法，为杭州高僧歇清了再传弟子，他浪迹江湖二十余年，于南宋嘉定三年（1210年）受法，住持建康清凉寺，后迁台州瑞岩净土寺、杭州净慈寺，又转定海瑞岩寺，再住净慈寺，于宝庆元年（1225年）住天童寺。如净参学临济，得法于曹洞，成为一代宗匠。日本僧人永平道元最后得如净授法，回国后创曹洞宗，奉如净为日本曹洞宗祖师。如净圆寂后归葬南屏，至今净慈寺仍保留有如净墓塔，被日僧奉为祖塔。
所以1984年，日本曹洞宗大本山永平寺为报答祖庭恩德，捐赠3千万日元，由杭州制氧机厂铸造了与明代大小相同的铜钟，作为中日友好交流的纪念。
庆元府（今浙江宁波）天童长翁如净禅师，雪窦智鉴禅师之法嗣，俗姓俞，明州（今浙江宁波）苇江人。南宋孝宗隆兴元年（1163）出生。如净禅师少时出家，一度勤习经论。十九岁开始游方，后投雪窦山足庵智鉴禅师座下参学。雪窦智鉴禅师是青原系长芦清了禅师之法孙。初自芙蓉山至明州雪窦山谒智监禅师，相侍十五年。宁宗嘉定三年（一二一○）受请住建康府清凉寺。迁台州瑞岩寺、临安府净慈寺、庆元府瑞岩寺，再住净慈寺。晚受诏住庆元府天童山景德寺。为青原下十六世，雪窦智监禅师法嗣。约卒于理宗宝庆间，行脚四十余年，卒年六十六。如净禅师一生六坐道场，却很少有对徒众讲到自己的秉承、法脉。因此，有人特地请问此事。如净禅师道“待我涅槃堂拈出。”
如净禅师强调以坐禅为修禅方法，主张以心传心，见心成佛，被尊为曹洞宗第十三代祖。嘉定十六年，日本名僧道元来华，师事如净，得曹洞宗旨而归，归国后创立日本曹洞宗，奉如净为始祖。如净生前曾两度住持净慈寺，圆寂后亦葬于净慈，至今墓塔犹存。
院落南侧是观音殿
院落西侧
西侧墙上是《净慈寺石观音灵迹碑记》，记录了观音殿内石观音的来龙去脉。
院落北侧是客堂，客堂正门在院落外。
院落东侧，刚才进来的门。
观音殿是净慈寺保留较久的木结构古建，与大雄宝殿一样外墙四周佐以整根石条为柱。
殿内供奉有两尊菩萨像，靠前是木雕千手千眼观世音菩萨，后面是一尊古老的石雕观音。
观音殿门柱楹联：气毒烟火然怖畏军阵中称其名故即得解脱，发大清净愿具足神通力如是自在游于娑婆。
两侧靠院墙柱楹联，光线不好，看不清。
观音殿内西侧
据说，观音菩萨成道之前是古代妙庄王的三女儿妙善公主，因矢志出家修行屡受父王加害。后来妙庄王病了，她挖下自己的双眼，砍下自己的双手，制成药给父亲吃，使父病痊愈。妙庄王十分感动，为了纪念自己的女儿，让工匠塑一个全手全眼观音像，但工匠听错了，塑了一个“千手千眼观音像”，这便是“千手千眼观世音”的来历。
观音殿后面这座石观音像也有一段非常灵异的故事，净寺远近很多香客都是为了朝拜她而来。解放前杭州有一位清朝将军后代，姓许，住在有假山亭台的花园里。有一次，女主人连续三天梦见白衣观音，告诉她：“我在你家地下许多年了，你们是行善人家，希望将我从地下请出，造福世人。”于是女主人雇工来挖掘，果然见地下有许多菩萨，除石观音外还有数十尊石雕菩萨。这些菩萨后来被送往杭州严官巷的东岳庙里。
又经数年，当时城里有一家绸厂的女主人，身患重病，医治无效，快要死了。此时来了一白衣女子说能医治，取一碗清水来，口中念念有词，命病人喝下。才一会儿功夫病人就能坐站起来了，刚想感谢白衣女子，但见她突然走了。病人忙唤她的儿子追随白衣女人看她住哪里，一直追到了东岳庙，进去看看，四下里无人，只见许多的石菩萨堆在墙边，便回去告诉他的母亲，就这样，一传十，十传百，许多善男信女纷纷成群结队三跪一拜地赶来了。后来，许家老少都皈依佛门，把石菩萨请到净寺供大家膜拜。
据隔壁住户和本寺僧人证实，常于朝暮之时看到白衣观音后山凌空而至，倏忽不见。大家远道而来，有什么心愿和苦难需观音大士救助，此时不要错失机会，祈求菩萨加被，定能随愿所成。
观音殿后门
观音殿背面
