TCGA数据分析系列（二）：LinkedOmics

今天继续我们TCGA在线数据库系列。今天介绍的数据库是LinkedOmic,http://www.linkedomics.org/login.php可谓是航母级数据库，没有做不到的，只有想不到的。话不多说，我们直接开始。

数据库的主页面

数据库的数据来源

第一步：选择肿瘤

第一步我们选择肝癌

第二步：选择数据类型

第二步我们选择RNA-seq

第二部还可以进一步选择亚型

第三步：选择要分析的基因

我们选择LDHA

第四五步：选择目标数据集和统计方法

这里我们依旧选择RNA-seq，这样的话我们可以做LDHA与其他基因RNA水平上的相关性，以及GO,KEGG,GSEA等分析。如果你想做生存分析，可以选择Clinical，想做甲基化，基因突变相关的分析，都可以选择对应的目标数据集。比如突变，可以选择基因突变或者突变位点。这需要大家慢慢摸索了。选择不同的目标数据集，出来的统计方法也不一样。这里我们选择Pearson。另外，所有的数据都是可以下载的！

结果

出来的结果就是这样样子，点击圆圈就可以浏览结果

批量相关性分析的结果可以下载

相关性的火山图

相关性分析热图

左边是与LDHA正相关基因的热图，右边是与LDHA负相关基因的热图。

点击LinkInterpreter可以做富集分析或者GSEA分析。

我们来选择GSEA分析演示一下

等待一段时间后，全部结果都出来了，并且所有的结果都可以下载。

GSEA结果的表格

GSEA结果的图

所有的结果都可以下载SVG格式，下载之后就可以用AI调整清晰度。

可以看到结果还是很靠谱的，LDHA富集到最相关的通路就是HIF-1信号通路。

以上我们只是演示了LDHA的GSEA富集分析的整个流程，这个数据库还能做的分析太多了，所以我才称它为航母级数据库。好了，今天的在线数据库分享就到这里了。

另外，最近收集了一些很好的资源，想分享给大家，顺便能涨一些粉，主要有

1. 19年中标的各门类国自然题目汇总，以及17年的国自然汇总，部分含摘要！

2. R语言学习书籍

R语言实战(中文完整版)

R数据科学(中文完整版）

ggplot2：数据分析与图形艺术

30分钟学会ggplot2

3. TCGA数据整理

前期从https://xenabrowser.net/datapages/ (UCSC Xena)数据库下载的TCGA数据，传到了百度云上备份。