生信分析筛选lncRNA进行实验验证思路分享

与以前相比，现在的科研越来越难做，从meta分析到很多对纯生信友好的期刊被拉黑，这些变化一一说明了单位对科研的要求越来越高，需要高质量、高水平的SCI论文。对纯生信友好的基本上是OA期刊，OA期刊出于商业利益，往往发文量远远大于非OA期刊，纯生信数据挖掘文章在非OA期刊上发表的机会远远小于OA期刊。要想增加发表在非OA期刊的机会，往往纯生信数据挖掘都是需要补充实验验证。现在很多研究生、博士正需要筛选分子进行开题，所以本次我们分享一下如何利用纯生信数据挖掘的方法筛选一个值得深入研究的分子，具体操作我们以lncRNA分析为例。

分析操作方法如下：

1、从TCGA数据库下载lncRNA数据矩阵与相关临床数据，按照log2FC绝对值大于2与FDR小于0.05的标准筛选出差异的lncRNA

2、将上一步筛选出的差异lncRNA进行批量化的单因素Cox回归分析，然后筛选出p值小于0.05的lncRNA，再用lasso回归进行下一步的筛选

3、将上面筛选出的lncRNA进行多因素Cox回归分析，根据多因素Cox结果同时结合生存曲线进行筛选出一个lncRNA

根据上面的分析思路，我们就选出了一个lncRNA。如果条件可以的话，可以尝试下面这些分析：

1、该lncRNA在***癌组织中的表达，及其与***癌病理分级、临床分期和预后相关性的研究 （收集临床样本）

2、该lncRNA对***癌增殖和侵袭转移能力影响的研究

3、该lncRNA的作用机制研究