3Dslicer1:入门及基本控制

1.用户环境

模块面板:显示模块界面,Slicer中功能通过模块化的方式实现;

切片窗口:显示三个切片分量,冠状面R、矢状面Y、水平面G;

数据探针:用于显示鼠标在切片视图中移动时的实时坐标信息。

1.1 系统主菜单

1.File-文件管理功能

Add Data:添加Slicer数据,可以是一般的Slicer场景;

DICOM:添加DCM数据文件;

DownSampleData:下载样本数据;

Save:保存文件;

RecentlyLoaded:最近加载文件;

CloseScene:关闭当前场景。

2.Edit-编辑功能

Application Setting:应用程序设置,打开应用程序设置面板,该界面允许用户定制已安装的软件:设置各种类型的Slicer模块加载或不加载;Python交互器的显示与否;选择自定义字体,指定一个临时目录,以及一些其他的自定义选项。

Cut:剪切。

Copy:复制。

Paste:粘贴。

Record Macro:录制宏。

Play Macro:播放宏。默认情况下,菜单项“录制宏”和“播放宏”是不显示的,要启用它必须通过应用程序设置界面的“QTtesting”选项卡中的设置。

3.View-交互器 GUI

PythonInteractor:Python交互器,打开Python交互器窗口,在该窗口中进行Python代码的写入和执行。3D Slicer内置Python解析器,可以对Python代码进行解析执行,方便熟悉Python脚本语言的使用者和开发人员进行功能的使用以及开发;

ExtensionManager:扩展管理工具,打开扩展管理窗口,下载,安装扩展功能模块;

ModulePanel:显示模块控制面板;

ToolBar:管理界面上显示的工具;

Layout:显示窗口的多样显示;

ErrorLog:错误日志,用于显示程序在运行过程中出现的错误;

4.Help-帮助说明

KeyboardShortcut:键盘快捷方式;

InterfaceDocumentation:通过浏览器访问3DSlicer主页面;

Browsetutorials:通过浏览器访问3DSlicer培训页面;

SlicerPublications:通过浏览器访问3DSlicer相关论文;

VisualBlog:通过浏览器浏览3DSlicer官方图像资料;

ReportABug:报告一个Bug;

About3DSlicer:关于3DSlicer的资料;

1.2 工具栏

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加载和保存选项

加载场景选项将引发浏览器选择并加载数据集合作为MRML场景。此选项将清除现有场景并重置应用程序状态。“保存”选项将引发“保存数据”界面,该界面提供了各种保存MRML场景和单个数据集的选项。

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模块选择和导航
“模块选择和导航”工具栏提供了用于搜索模块名称,从模块菜单中进行选择以及向后和向后移动模块选择历史记录的选项。
单击搜索图标并开始输入将显示并更新以相同字母开头的模块列表。
可以使用扩展管理器或更新其他模块路径应用程序设置来安装其他模块。

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核心模块(又名收藏夹)
核心模块工具栏提供了快捷方式,及一些Slicer的核心模块,包括
Models
Transforms
Data
Volumes
Annotations
Interactive Editor
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布局、鼠标模式、视图及十字线
布局部分可以选择不停同的窗口显示正在操作的数据,,常用的有four-Up和3D only
鼠标模式可以测距、标记ROI(region of interest)和基准
十字准线工具栏提供了一组选项,用于自定义跨所有切片查看器的十字准线的外观和行为。

1.3 应用程序设置

General:设置程序的字体,提示消息等;

Modules:关于模块加载的设置;

Extensions:关于扩展功能的设置;

Cache:该选项卡提供软件下载数据时的缓存有关的设置和功能;

Internationalization:启用/关闭国际化功能设置,如果启用国际化,那么在常规设置面板上会出现语言选择的下拉菜单,由于3D Slicer4.2版本未能支持国际化,该功能仅可用作开发人员测试使用;

Slicer宏设置(QTtesting):显示/隐藏Slicer宏功能菜单;

Python设置:用于Python交互窗口中的设置,例如文字颜色,字体等;

Volume  rendering:用于设置渲染方式,显存等;

1.4 3D视图窗口

——通过鼠标在任何3D Viewer的左上角的推针图标上访问3D Viewer控制器。
——可以通过点击有效地“引导”打开的推针图标来持续打开面板。再次点击“取消固定”面板。
——在推针旁边,可以找到唯一的ID,将3D查看器与其他3D查看器区分开,当其他布局被选择时可能已经创建。
——最后,有一个中心的视图按钮来设置虚拟相机,以显示在此时在查看器中可见的所有内容。
——面板包含用于设置视点方向的选项,以及配置任何3D Viewer的外观和行为。这包括将切片器设置为最远的列中的摇滚或轨道的按钮。眼睛图标包含3D查看器中方向字母和边界框可见性的控件。
——深度剥离是一种多通道技术,用于渲染半透明多边形几何而不排列多边形。它可以用于解决半透明表面模型渲染问题。

1.5 切片视图控制

——每个Slice Viewer支持三层:(前景或FG,背景或BG,标签或L),可以单独查看,或以可定制的方式混合在一起。当加载新的标量卷时,它会自动显示在BG层。加载新的标签贴图时,会自动加载到L层。可以在任何Slice Viewer的控制面板中选择性地更改这些图层的内容。
——通过鼠标悬停在任何切片查看器左上角的推针图标来访问任何Slice Viewer的控制器。也可以通过单击推针图标来持续打开面板。在推针旁边可以找到唯一的ID,区分特定的Slice Viewer与其他选择了其他布局时可能创建的Slice Viewers。提供了一个切片滚动条,用于手动扫描切片,并且显示屏右上方还提供了切片编号条目小部件,用于手动索引特定切片。每个Slice Viewer包含显示每个图层(前景,背景和标签)的选项。对于前景和标签图层,可以通过使用旋转框不透明小部件(下图中的“不透明度”注释指向)来控制图层的不透明度。此外,标签层的可见性可以在“轮廓”和“实体”模式之间切换(参见下图中的“标签轮廓”按钮)。
——一些Slice Viewer配置选项可以通过使用Link选项应用于一个或所有Slice Viewers。当查看者取消关联时,选项仅适用于正在调整的观众。观看者链接时,该选项将适用于所有切片查看器。只有当与当前观看者的交互完成后,观众链接的操作或交互的应用才被传播到其他观众。例如,当观看者链接时,在观看者内放大将交互地缩放当前观看者并且在交互完成时,缩放的效果将被传播到其他观看者。Hot-Link设置会修改此行为,以便立即将所有观众应用互动的效果。链接和取消链接是持久设置。此处进一步介绍了Slice Viewer设置和交互的链接行为。

2.3DSlicer图像控制简述

2.1 窗宽-窗位调节(Window/Level,W/L)

W/L值既可以通过使用左键单击W/L工具条并拖动鼠标进行调整,也可以通过垂直移动鼠标调整Level值,水平移动鼠标调整Window值。此外,Slicer的体数据模块提供了一个接口界面提供更精确的调整。

2.2 不透明度调整

长按Ctrl键并单击鼠标左键进行拖动,可以在一个Slicer视图中拖动调整不透明度。垂直移动鼠标调整前景的不透明度,水平移动鼠标调整标签不透明度。此外,Slicer的体数据模块提供了一个接口界面提供更精确的调整。

2.3 拖动对象

当图像显示的比例较大时,图像窗口不能完全显示整个图像,这时需要通过抓手工具来拖动画面,以显示图像的不同部位,鼠标悬停在任何的“可选取”对象上,Slicer的视图将使得光标从一个“指针”改变成“手”。当光标显示“手”的时候,左键单击并拖动鼠标将选择和操纵的对象。释放鼠标按钮将取消选择的对象。

2.4 操作关联

在任何Slicer视图中按住Shift键的同时移动鼠标,会导致其他Slicer视图交互方式滚动到相同的RAS鼠标的索引位置。当进行多配准的研究时,此功能非常有用。

2.5 视图的缩放、平移与旋转

缩放 :鼠标滚轮操作或长按鼠标右键上下移动

平移:长按Shift + 长按鼠标左键拖拽

旋转:长按鼠标左键并拖拽

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注:本文为CSDN博主「沈子恒」的原创文章,在此文基础上参考了以下文章做了相应编辑→

原文链接:https://blog.csdn.net/shenziheng1/article/details/76392120

参考链接:https://www.cnblogs.com/mat-wu/p/7746067.html 

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