刘骏的皇位是通过武力夺来的，又曾遭遇刘义宣和臧质的挑战，特殊的上位经历造就了他的猜疑和刻薄，对待宗室和大臣动辄翻脸无情。
大明元年（公元457年）二月，北魏军进犯刘宋的兖州，兵锋直指无盐，击败刘宋东平太守刘胡。
刘骏下诏，派太子左卫率薛安都率领骑兵，东阳太守沈法系率领水军，一同向彭城挺进，由徐州刺史申坦节制，抵御北魏的入侵。然而，两路大军赶到彭城时，北魏军已经离开。此前，任城丛林里聚集着成群的盗寇，为患多年，当地人称之为任榛。申坦请求趁大军班师回朝的机会前去讨伐，刘骏同意了他的请求。任榛得知消息后，全都四下逃散。这时，正赶上大旱季节，讨伐大军因干渴困乏，无功而返。为此，薛安都和沈法系被免去官衔，以平民之身担任现职。申坦被判死刑，文武官员都替他求情，刘骏坚持要杀。行刑时，沈庆之在刑场上抱住申坦，失声痛哭道：“你无罪却被判死刑。我在这里哭你，等你走了，我也跟着你到地下去。”有关部门将沈庆之的话报告给刘骏，碍于沈庆之的情面，刘骏无奈赦免了申坦。这件事充分显示了刘骏用法的苛刻，若不是沈庆之的仗义执言，申坦真是遭了无妄之灾。在严厉制裁宗室和地方刺史的同时，刘骏对朝中的大臣也不放心，采取各种手段限制和打压，甚至通过杀戮加强个人权威。大明二年（公元458年）六月初六，为了防止臣属权力过大，刘骏将吏部尚书分设两名，以都官尚书谢庄和度支尚书顾觊之分别担任，同时撤销五兵尚书。谢庄，出身世家大族，谢弘微之子，门荫入仕，起家太子冼马。谢庄有神童之名，七岁能文，诗文俱佳，南北公认的大名士。是年秋，刘宋发生了一起谋反案，这起谋反案本身没闹出什么动静，却让一位名士无辜卷入其中，颇为耐人寻味。彭城百姓高阇和沙门昙标妖言惑众、煽动人心，和殿中将军苗允等人秘密勾结、阴谋叛乱，拥护高阇作皇帝，事情很快被发觉。八月初二，高阇等人全被处死，受牵连被斩首的有几十人。为此，刘骏下诏勒令整顿佛门，并宣布各种禁令，严格执行株连制度，除了能严守戒规、苦心修行的高僧外，其余的都要还俗。然而，禁令颁布之后，依然有很多尼姑经常出入深宫和刘骏厮混。既然皇帝都带头不遵守，禁令最终不了了之。中书令王僧达自幼聪明伶俐，写得一手好文章，但为人放荡，行事不拘小节。刘骏即位时，曾提拔他做仆射，位在颜竣和刘延孙之上。王僧达自负才能和门地，认为当世之人没有谁能比得上他，很快就能升为宰相。然而，没过多久却被贬为护军将军。王僧达郁郁不得志，几次上书请求外放。敢跟我闹脾气？刘骏很不爽，继续慢慢把他降级，五年之间，连贬七次，最后还被弹劾。王僧达既觉得耻辱，又心怀不满和怨恨，每次写给刘骏的奏章，言辞多有不平，又特别喜欢指责朝政，刘骏憋了一肚子气。这天，路太后的侄子去拜访王僧达，直接坐到了他的床上。走后，王僧达嫌弃他的出身，下令把床扔出去，路太后大怒，把刘骏叫来让他一定把王僧达杀了。赶上高阇谋反，刘骏顺势陷害王僧达与高阇是同谋。可怜的王僧达，自认世家大族，居然膨胀到要跟皇帝发牢骚、轻视太后侄子。如今倒好，别人庆祝中秋佳节，他却要与家人生死永别。前有谢灵运，后有王僧达，身为世家子弟，权势虽大不如前，名士风范却没有半点改变，可谓是头可断血可流，范儿不能丢。当名士们因为各种原因被排除在权力核心之外时，一些寒门出身的读书人逐渐走上前台，成为刘宋朝堂一股不可忽视的政治力量。刘骏坐镇江州时，山阴人戴法兴、戴明宝、蔡闲担任典签。即位后，刘骏把他们都任命为南台侍御史兼中书通事事人，掌管文书传达。大权在握后，刘骏不再信任朝中大臣，连心腹耳目都不能参与决策，唯有戴法兴因涉猎文史受到他的亲近和厚待。戴法兴，会稽山阴人，出身贫苦，父亲戴硕子靠卖纻布为生。戴法兴从小就好学能文，与两位哥哥戴延寿及戴延兴各有才能，戴延寿擅书法，戴延兴以德行闻名，戴法兴文笔好，擅写文章。戴法兴年轻时曾在山阴市集卖葛布，后因文笔好被人推荐到官府当小吏，得到刘义康的引见和赏识，被任命为记室令史。元嘉十七年（公元440年），刘义康倒台后，被他提拔任用的人大多被贬官或免职，赶出建康。戴法兴和刘义康的旧僚刘延孙等人前往投靠刘骏，开始受到刘骏的赏识和重用。元嘉二十一年（公元444年），刘骏迁任南秦州刺史，晋升为抚军将军，戴法兴也跟着他迁转，担任抚军记室掾。元嘉二十八年（公元451年），刘骏转任南中郎将、江州刺史时，亦以戴法兴为南中郎典签，成为他的心腹之一。除了戴法兴，出身寒门的巢尚之也因通览文史深受刘骏的赏识，被任为中书通事舍人。从这时起，凡是官员的遴选、免职、赏赐、诛杀等重大事情，刘骏都要和戴法兴、巢尚之商量讨论，宫廷内外事务大都委托戴明宝处理。一时间，三人权力之大超过所有人，凭借权势，戴法兴和戴明宝大肆收受贿赂，凡是他们推荐的官员没有不通过的。于是，天下趋炎附势的人都集中到他们那里争相巴结，门庭若市，家产也都积累到了千金，刘骏对此睁一只眼闭一只眼。
