绘制一张好看的基因结构图-快速和自由地....

题记

为什么加这个工具?最近硕士毕业,手上课题也多,两边实验室的事情同时操作,我觉得我个人精力没问题,但是两边进展都很缓慢....心累。心累那就码码,做点课题组需要的东西,于是就写这个。总的来说,首先是对现在的课题组绝对是正好用上的,然后呢,对新的课题组也是基本可以马上用上了,同时呢,在未来的某个项目中,也肯定是能用上的(至少前几天,新老板提到的基本是需要类似的工具....

数据准备

使用TBtools绘制基因结构图,需要至少一个,最好两个输入文件

  1. 基因结构注释文件,或者是gff3文件 或者是 gtf文件

  2. 可选的 需要展示的基因ID列表,可附带增加自定义的结构域注释信息

    其中,在2.中,支持蛋白坐标直接转换为实际gene上的坐标!!!

示例

写再多的使用都不如一个示例嘛,毕竟是个GUI工具

下面以拟南芥MYB基因家族为例,批量输出


下载和准备TBtools需要的输入文件

下载拟南芥的GFF3文件

ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair/Genes/TAIR10_genome_release/TAIR10_gff3

准备拟南芥所有MYB的ID 列表,也可以不准备,不过就需要自己先筛选并且只保留MYB相关的拟南芥的记录,点击跳转,拟南芥有168个MYB,如果要用GSDS_v2在线输出结果,那么可能会达到文件上限,于是就做不了了,这个时候,你需要做网页工具本地化,还是可行的;;不过TBtools更方便,只要给够内存,无限个都可以做

出图并直接调整图片大小

在TBtools中直接进行图片调整,改变高度或者取色器直接修改颜色

当然,支持自定义Feature是必须的

  1. 支持输入mRNA/pre-mRNA对应的坐标,这样就直接展示序列上,无论指定的区域是否是CDS 还是 UTR 还是 Intron

  1. 支持输入Protein对应的坐标,比如pfam结果,NCBI cd-search结果,或者其他基于蛋白序列分析,得到的一个区域,TBtools内部会进行自动转换,并映射到CDS上


附上一个课题组 秒出的图,中间和右边部分,发工具过去,等几秒,收到QQ消息

秒出 !!!

还有隐藏功能!!!,点击某处,弹出序列

点击跳转即将离开的课题组主页...[http://pineappledb.xyz]

点击跳转即将加入的课题组主页...[http://xialab.scau.edu.cn/]

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