点点鼠标 - 构建进化树 - 调用IQ-TREE在超短时间ML

在这种情况下，我们需要一些界面化，或者可视化的工具来做辅助。

不时，总会有一些声音，他们非常确信，离开了命令行，离开了界面化，就不是生物信息。

事实上，我个人的观点是，他们还不知道什么是生物信息。如果说我们大多数人看到的是生物信息的一栋房子，或许他们看到的，只是这栋房子的一张照片。

我只是并没有与这些人争执或者是我并不回应他们，因为上一次回应他们，已经是三四年前，我们都还年轻的时候。何必追求太多人的认可？关键是自己看清自己。

基本完成序列到进化树构建的界面操作

不同的基因，不同的家族，不断的人工查看，我原本计划是用mega的。但是，他最大的问题是，我觉得用起来不够快，而且用起来不爽。

TBtools就不一样，他的开发目标似乎是，无论如何，我就是要用的爽。于是，在综合考量目前已有的软件后，我决定打包三个软件，来完成一件事情。

1. 多序列比对 - 之前在做小RNA数据下游生物信息挖掘时，我已经打包了muscle

2. 多序列比对结果修剪 - 之前在做一些课题项目是，我自己写了两个剪切办法，重新实现了Gblocks，现在继续打包我个人最喜欢的trimAl，因为他的表现，让我很满意

3. IQtree，我最后还是打包了IQtree，用来构建ML树。不过需要明确一个事情，我打包他，是因为他本身就自带了最优替代模型判断（这个可能对于80%以上做生物学问题，又不接触进化相关知识的朋友来说，非常重要。。。因为可能很多人根本就不知道这一步的重要性）。

鼠标点点点，快速构建进化树

在TBtools中，我们已经可以使用Muscle Wrapper进行多序列比对；多序列比对结果，可以用TBtools中已有的三个界面化工具进行剪切，建议是用trimAl Wrapper。感兴趣的可以翻公众号之前的推文。此处，我们只介绍新增加的这个功能 。

从界面来看，你可以发现，最基础的操作非常简单：

1. 设置 输入文件（注意到，你可以直接黏贴多序列比对的文本 Text Input）

2. 设置 输出 目录 （你当然可以给一个输出文件的前缀；注意到 ，你可以直接让Newick Text输出到Output TextArea，如果你懒得去看太多其他信息）

其他参数看心情和需要设置。
一般用户直接点Start按钮，然后等待就可以了。大概是100个蛋白序列，我等了有三五分钟...
一旦完成，那么会弹出结果（是的，直接可视化最终的Newick 树）

可以看到，左侧摁钮 Get Newick Tree，点击 可获得Newick文本，

当然，你也可以对这个进化树做一些简单的标，然后再保存，比如

不过目前这个功能我觉得还不够优秀 ，如果你感兴趣，你应该使用TBtools的TreeTreeTree，也就是之前推的树蜀黍。

写在后面

同样，我仍然没什么好说的。简单易用的工具，不值得用大篇幅来介绍他的使用。
最后，祝大家国庆假期愉快。