磷酸化蛋白检测 5 种方法大 PK,究竟谁是第一名?
追溯蛋白磷酸化的发现历程,必须提到的是 1930 年科里夫妇在糖代谢的研究中首次发现两种不同形式的磷酸化蛋白。
然而,这个发现沉寂多年,直到 1954 年,好基友 Fischer 和 Krebs 再次开展深入研究,才发现蛋白的磷酸化和去磷酸化,并凭此获得 1992 年的诺贝尔奖。
磷酸化蛋白对细胞通路的重要性毋庸赘述,这种关键的翻译后修饰参与广泛的细胞活动调节,包括细胞周期、细胞分化、代谢和神经元通讯等。蛋白磷酸化的异常也与众多疾病相关,是疾病机理研究的重要研究方向。
而在检测蛋白磷酸化时,有众多方法可供选择,本文就来帮大家盘一盘各种方法的特色。
激酶活性测定
蛋白激酶将磷酸基团从 ATP 转移到底物蛋白的丝氨酸、苏氨酸或酪氨酸残基上,即发生蛋白的磷酸化,直接影响靶标的活性和功能。因此,评估单个特异性激酶的活性可为通路解析提供有价值的信息。
要测量生物样品中的激酶活性,常规方法是添加 ATP,并将免疫沉淀的激酶与外源底物在体外共同孵育,最后通过比色、放射标记、荧光检测等报告系统测量磷酸化底物。R&D Systems® 能提供非放射性通用激酶活性试剂盒,用于定量分析任何可产生 ADP 的激酶活性(货号 EA004)。
上述方法可以了解特定激酶的作用,但对磷酸化蛋白的揭示较少,且体外活性测定无法准确解析潜在的内源性磷酸酶。为直接研究蛋白的磷酸化,磷酸化抗体应运而生,并因此衍生出多种免疫学测定方法。
Western Blot
Western Blot 是评估蛋白磷酸化状态的常用方法,且大部分实验室具备开展该实验的条件。用 SDS-PAGE 分离生物样品,随后转移到膜(PVDF 或硝酸纤维素膜),采用磷酸化抗体鉴定目的蛋白的磷酸化水平。
由于磷酸化蛋白的检测结果可能随样本处理或操作误差而变化,研究人员通常用同一种蛋白的总表达水平作为参考,通过确定磷酸化蛋白和总蛋白的相对比值来反映磷酸化情况,判断信号通路是否被激活。
CEM 细胞中磷酸化/去磷酸化 p53 的检测,分别用磷酸化 p53 多克隆抗体(R&D Systems®,货号 AF1043)和 p53 多克隆抗体(R&D Systems®,货号 AF1355)进行检测。
夹心法 ELISA
与 WB 相比,典型的夹心法 ELISA 检测蛋白磷酸化具有如下优势:
含有标准品,实现定量;
捕获抗体和检测抗体以夹心的方式检测磷酸化蛋白,特异性更高;
具有更高的灵敏度,便于检测少量样本或低丰度蛋白;
微孔板的形式比传统的 WB 具有更高的通量。
采用 DuoSet® IC 试剂盒(R&D Systems®,货号 DYC1095B-2)检测给药后 pEGFR 的比例。图片来源:doi: 10.1158/1535-7163.MCT-17-0758.
胞内流式细胞术及 ICC/IHC
上述体外的免疫学检测可用于验证猜想及药物筛选,如果需要准确揭示特定信号转导网络,则需要分析完整细胞内的蛋白磷酸化情况,可以采用胞内流式细胞术和免疫细胞化学/免疫组织化学(ICC / IHC)。
流式细胞术可以实现快速、定量的单细胞分析。对于异质群体而言,通过细胞表面标志物表型分析可以检测特定细胞类型中的目的蛋白,而无需预先分离细胞。该方法适合于分析小的、稀少的细胞群,不必担心在细胞分选过程中发生细胞的损失或蛋白表达的改变。
胞内流式检测 IL-4(R&D Systems®,货号 204-IL)未激活(A)或激活(B)的 STAT6 磷酸化,分别用别藻蓝素偶联的 STAT6 抗体(R&D Systems®,货号 IC2167A)和藻红蛋白偶联的磷酸化 STAT6 抗体(R&D Systems®,货号 IC 3717P)进行检测。
与其它检测磷酸化的方法相比,ICC/IHC 通常是用于确定细胞内/组织切片中的蛋白定位。通过流式细胞术和 ICC 检测磷酸化蛋白,需要刺激细胞并用甲醛/多聚甲醛固定,然后用透化剂处理,让磷酸化抗体进入细胞。
采用温和的透化剂可以检测细胞质蛋白,而核蛋白的检测可能需要酒精。酒精透化也可增强磷酸化特异抗体的磷酸化蛋白检测,因酒精具有变性的特点。
ICC 检测检测 IL-4 激活(A)或未激活(B)的 STAT6 磷酸化,分别用磷酸化 STAT6 抗体(R&D Systems®,货号 AF3717)及 NorthernLights™ 557 偶联的二抗检测(R&D Systems®,货号 NL004),DAPI 染色细胞核。IHC 检测大鼠大脑皮层的磷酸化 ERK1/ERK2(C,R&D Systems®,货号 AF1018)。
固相抗体芯片
如果想知道某个样本中多种蛋白磷酸化的状态,但是同时检测多个蛋白的样本量不足,无法进行多重 WB 或者多重 ELISA,如何解决这种困境?Proteome Profiler™ 固相抗体芯片可以在同一样本中同时检测多种蛋白。与 WB 类似的是,固相抗体芯片也可以根据灰度值对蛋白进行半定量。
MEK1/2 抑制剂 U0126 对 ERK 通路的影响,采用固相抗体芯片(R&D Systems®,货号 ARY002B)检测 HeLa 细胞中 U0126(Tocris®,货号 1144)处理前后通路中各磷酸化蛋白的表达。
评估蛋白磷酸化是揭秘细胞活动的重要内容,不同的实验方法各有千秋,应根据实验设计及实际情况选择合适的检测手段(Table 1)。必要时,不应该走单行线,而应该选择「组合拳」。