通路绘制软件介绍:PathwayMapper

昨天我们介绍了两个基于现成数据库来可视化通路的工具。同时也说到这两个工具有两个不好的地方：1. 数据结果到处是png格式的；2.通路会显示所有相关的基因，有可能会造成可视化信息的混淆。这个时候其实最好的就是自己来绘制通路图，所以这两天就给大家介绍了几个自定义可视化通路的工具。今天就介绍这个PathwayMapper(https://www.pathwaymapper.org/)吧。

对于通路的可视化，我们最常见的时候通过类似logFC这类的数据来进行基因的标注。但是对于突变的数据，也是可以标注的通路上的。例如下面这个图。

对于这个数据库的时候，作者团队在youtube上传了很详细的使用视频。这里我们就搬运过来，有需要了解的话，可以直接的看视频即可。

以上就是这个通路绘制工具的基本用法，如果有绘图通路的需要的同学可以试一下哈。对于这类的工具，这个只是可以画一些简单的通路图，但是对于通路当中的修饰比如磷酸化这些的，这个网站就不能标注出来了。如果想要在通路当中把修饰情况标注出来，可以参考我们明天的帖子哈。