如何合并多套GEO数据集?

首先，给大家看一张图，如下：

有很多人会问，这样图是怎样做的？下面，我们来告诉你

第一步，下载GDS3592和GDS1381数据集

第二步，分别对两个数据集做差异表达分析

第三步，将保存好的差异表达文件放在同一文件夹，命名为GDS3592.txt，GDS1381.txt，使用RobustRankAggreg包进行合并就可以了

这里要说一下，不同数据集测序平台不同，实验室不同，操作人员等等都不同，这样就会存在严重的批次差异，虽然分析的时候可以进行矫正，但是批次差异还是实实在在存在的，就像meta分析的异质性一样。所以关于合并有些人认为可以，有些人认为不可以，百家争鸣。