EasyStat-如何提取数据+个性化出图 / 四六文摘

写在前面

目前EasyStat包使用过程中有朋友问，如何修改图片，这里我想说，出图函数都会有出图数据的输出，大家只需要提取数据，即可自己在外面出图。

下面我以柱状图和箱线图为例，为大家演示一下。

实战

#-----EasyStat--高级使用使用

# 我们并不是必须使用这个包来作图，比较这个包中封装的函数也只是ggplot而已 library(EasyStat) library(ggplot2)# 用于作图 library("dplyr")# 用于数据处理

使用方差检验结果和多重比较结果做展示

###----使用方差检验结果和多重比较结果做展示：柱状图展示 result= aovMcomper (data = data_wt, i= 6,method_Mc = "Tukey")

绘制柱状图

PlotresultBar = aovMuiBarPlot(data = data_wt, i= 6,sig_show ="abc",result = result[[1]]) #提取结果 p <- PlotresultBar[[1]] p

ggsave("1.png",p)

提取数据—直接使用ggplot出图

#--提取数据--直接使用ggplot出图


data <- PlotresultBar[[3]]
p = ggplot(data , aes(x = group, y = mean,colour= group)) +

geom_bar(aes(colour= group,fill = group),stat = "identity", width = 0.4,position = "dodge") +

geom_errorbar(aes(ymin=ymin,

ymax=ymax),

colour="black",width=0.1,size = 1) +

geom_text(aes(label = groups,y=ymax, x = group,vjust = -0.3,size = 6))

p ggsave("2.png",p)

line形式显著标记柱状图

#--------line形式


PlotresultBar = aovMuiBarPlot(data = data_wt, i= 6,sig_show ="line",result = result[[1]])

#提取结果

p <- PlotresultBar[[1]]

p

ggsave("3.png",p)

提取数据直接作图

data <- PlotresultBar[[3]]


p = ggplot(data , aes(x = group, y = mean,colour= group)) +

geom_bar(aes(colour= group,fill = group),stat = "identity", width = 0.4,position = "dodge") +

geom_errorbar(aes(ymin=ymin,

ymax=ymax),

colour="black",width=0.1,size = 1)

p ggsave("4.png",p)

提取线段样式的数据直接绘图

#---- 提取线段链接样式的数据


line <- PlotresultBar[[4]]
p <- p +

ggsignif::geom_signif(comparisons =line$comparisons, annotations=line$annotations,

y_position = line$y_position, tip_length = line$tip_length,color = "black")

ggsave("5.png",p)

line形式去除ns的连线

#-------


PlotresultBar = aovMuiBarPlot(data = data_wt, i= 6,sig_show ="line",result = result[[1]],ns = TRUE)

#提取结果

p <- PlotresultBar[[1]]

p

ggsave("6.png",p)

同样提取数据作图

#---不使用出图只使用数据--这里只要ns = TRUE，提取出来数据也会是没有ns的线


data <- PlotresultBar[[3]]
p = ggplot(data , aes(x = group, y = mean,colour= group)) +

geom_bar(aes(colour= group,fill = group),stat = "identity", width = 0.4,position = "dodge") +

geom_errorbar(aes(ymin=ymin,

ymax=ymax),

colour="black",width=0.1,size = 1)

p ggsave("7.png",p)

#---- 提取线段链接样式的数据


line <- PlotresultBar[[4]]
p <- p +

ggsignif::geom_signif(comparisons =line$comparisons, annotations=line$annotations,

y_position = line$y_position, tip_length = line$tip_length,color = "black")

ggsave("8.png",p)

箱线图

#-箱线图


# #使用案例

PlotresultBox = aovMuiBoxP(data = data_wt, i= 6,sig_show ="abc",result = result[[1]])
#提取图片

p = PlotresultBox[[1]]

p

ggsave("9.png",p)

提取数据做箱线图

data_box <- PlotresultBox[[2]]

p = ggplot(data_box, aes(x=group, y=data_box[["dd"]], color=group)) + geom_boxplot(alpha=1, outlier.size=0, size=0.7, width=0.5, fill="transparent") + geom_jitter( position=position_jitter(0.17), size=1, alpha=0.7)+theme(legend.position="none") + geom_text(data=data_box, aes(x=group, y=y, color=group, label= stat)) p ggsave("10.png",p)

使用line展示差异

# #使用案例 PlotresultBox = aovMuiBoxP(data = data_wt, i= 6,sig_show ="line",result = result[[1]],ns = TRUE)


#提取图片

p = PlotresultBox[[1]]

p

ggsave("11.png",p)

提取数据 ggplot出图

data_box <- PlotresultBox[[2]]


p = ggplot(data_box, aes(x=group, y=data_box[["dd"]], color=group)) +

geom_boxplot(alpha=1, outlier.size=0, size=0.7, width=0.5, fill="transparent") +

geom_jitter( position=position_jitter(0.17), size=1, alpha=0.7)+theme(legend.position="none") +

geom_text(data=data_box, aes(x=group, y=y, color=group, label= stat))

p

ggsave("12.png",p)

手动添加line标记

line <- PlotresultBox[[3]]


#--调整连线位置，可以修改line$y_position，这里我乘以1.5 ，整个线条往上移动
p <- p +

ggsignif::geom_signif(comparisons =line$comparisons, annotations=line$annotations,

y_position = line$y_position * 1.5, tip_length = line$tip_length,color = "black")

ggsave("13.png",p)

EasyStat-如何提取数据+个性化出图