基于TCGA数据库肿瘤免疫细胞浸润分析流程

分析基本思路：
1、首先我们应该要知道什么是肿瘤的免疫细胞浸润模式，通过一些什么样的原理，可以用什么样的软件进行分析。
肿瘤免疫细胞浸润是指免疫细胞从血液中移向肿瘤组织，开始发挥它的作用，可以从肿瘤组织中分离出的浸润免疫细胞。
肿瘤中免疫细胞的浸润与临床结果密切相关，肿瘤中浸润的免疫细胞最有可能作为药物靶标来提高患者的生存率。
2、数据下载
使用到的数据是从TCGA数据库下载。从TCGA下载的数据，一个样品是一个文件，需要把所有的样品数据整理到到一个矩阵，得到行名是基因名，列名是样品名的矩阵文件。

3、分析用到的软件是CIBERSORT
所以我们要对刚才得到的矩阵文件进行数据矫正，得到适合CIBERSORT这个软件分析的输入文件，然后用CIBERSORT软件进行分析，这个软件的原理就是把我们输入的基因矩阵转换为免疫细胞的矩阵，这个矩阵的列名是细胞名称，行名是样品。当然我们需要根据p值对样品进行筛选。
CIBERSORT，是由Binder G等开发的反卷积算法，可以基于标准化的基因表达数据来计算复杂组织的细胞组成，改方法能量化特定细胞类型的丰度。通过流式细胞分选术很好地验证并成功评估了乳腺癌及肝癌组织中免疫细胞的组成。

4、使用免疫细胞矩阵绘图
绘制柱状图，热图，相关性热图，小提亲图，这些图都是在研究和文章种经常见到的。

5、免疫细胞和临床进行分析
首先要把TCGA数据库相关样品的临床数据下载，并且用一定的方法进行提取，然后把免疫细胞矩阵和临床矩阵结合，得到生存分析的输入文件。

6、做免疫细胞的生存分析，并做临床相关性分析，我们想知道免疫细胞的组织是否和临床相关。

在这个分析思路中，最关键的一步就是如何用CIBERSORT这个软件把基因矩阵转换为免疫细胞矩阵。