快捷高效的BSA混池测序鉴定水稻抗稻瘟病QTL

研究背景

使用传统的育种方法鉴定某个重要的农艺性状存在费时费力等缺点，采用BSA策略可以通过对性状差异较大的亲本进行杂交，快速构建作图群体如F2、RIL等。在亚洲水稻是一种十分重要的粮食作物，鉴定重要农艺性状的相关基因迫在眉睫。

研究成果

来自日本的Terauchi教授和他的同事们，利用抗稻瘟病的水稻品系Nortai和感病水稻品系Hitomebore（图a）杂交后得到F2群体，之后连续自交得到总计241株水稻（RIL群体）。之后按照不同的抗病能力对RIL群体进行分级（图b），将抗病能力最强的20株水稻和抗病能力最弱的20株水稻分别构建2个混池（图c）。

SNP-index和基因组位置关系图可以看出，抗病混池（R-bulk）和感病混池（S-bulk）的SNP-index在6号染色体上差异较大。△SNP-index（R-S bulk）可以看出，染色体上绝大部分区域的△SNP-index都接近于0，而2.39-4.39Mb这段区域的△SNP-index都大于0.79且p<0.01（图d）。

接下来作者使用最传统的遗传图谱法，对所有241株水稻进行QTL定位，发现0-4.9Mb内LOD值最高，去交集后抗稻瘟病的区域进行快速定位。

参考文献

Takagi H, Abe A, Yoshida K, et al. QTL-seq: rapid mapping of quantitative trait loci in rice by whole genome resequencing of DNA from two bulked populations. Plant J, 2013, 74(1):174.