别说没告诉你,这个数据库做科研你肯定用得着,码好了! 2024-08-07 13:44:42 MarkerDB: an online database of molecular biomarkersMarkerDB:分子生物标志物的在线数据库MarkerDB(https://markerdb.ca)是将所有已知的临床和选定的临床前分子生物标志物信息整合的免费数据库,包括四种主要类型的分子生物标志物(化学、蛋白质、DNA和核型),以及四种生物标志物类别(诊断、预测、预后和暴露)。其提供的信息包括:生物标记名称和同义词、相关条件或病理、详细的疾病描述、详细的生物标记描述、生物标记特异性、敏感性和ROC曲线、标准参考值(用于蛋白质和化学标记)、变体(用于SNP或遗传标记)、序列信息(用于遗传和蛋白质标记)、分子结构(用于蛋白质和化学标记)、组织或生物流体源(用于蛋白质和化学标记)、染色体位置和结构(用于遗传和核型标记)、临床批准状态和相关文献参考。数据库具体信息MarkerDB(1.0版)包含27759个以上的分子生物标记物,绝大多数(26 628个标记)是单一标记(一个条件一个标记),少数(1219个标记)是MarkerDB收集的451个多标记面板的一部分,包括142个蛋白质标志物、1089个化学标志物、154个核型标志物和26374个DNA标志物。这些被分为25560个诊断生物标志物、102个预后生物标志物、265个暴露生物标志物和6746个预测生物标志物或生物标志物组。总的来说,这些标记可用于检测、监测或预测670种具体的人类状况。表1提供了关于MarkerDB内容的更多详细统计数据。表1 MarkerDB的详细数据内容(1.0版)(图片来源PMID:33245771)MarkerDB中五个主要分子标记类别化学生物标志物MarkerDB中的化学生物标记物包括各种先天性代谢或遗传疾病、癌症、代谢紊乱、传染病、药物暴露、化学/污染物暴露和饮食摄入的标记物。MarkerDB中的1089个化学标记与448种疾病以及106种暴露有关。目前,MarkerDB中的每个化学标记都有一个或多个疾病关联,以及MarkerDB ID、结构、化合物描述、名称/同义词、理化数据、疾病浓度、正常浓度、性别、年龄范围(成人/儿童/新生儿)、生物流体(标记物通常用于测量)、ROC曲线、敏感性、特异性、显著性(P值)、一个或多个文献参考和其他在线数据库(OMIM、GenBank、UniProt、HMDB、PubMed、PDB等)的外部超链接。蛋白质生物标志物MarkerDB中142个蛋白质生物标志物覆盖了160多种疾病。MarkerDB中的所有蛋白质生物标记物数据都是从OncoMX、CBD和UPBD原始文献中提取的,结构数据从蛋白质数据库PDB收集。目前,MarkerDB中的所有蛋白质标记都有一个或多个疾病关联,以及MarkerDB ID、序列、结构、详细的蛋白质描述、蛋白质名称/同义词、蛋白质理化数据、疾病浓度、正常浓度、性别、年龄范围,生物流体、一个或多个文献参考和其他在线数据库的外部超链接。DNA生物标志物DNA生物标记物是MarkerDB中最大的一类标记物。MarkerDB中的DNA生物标记进一步分为26021个与209种疾病相关的DNA突变标记、353个与70种疾病相关的SNP标记和23个与16种传染病相关的微生物/病毒基因。DNA突变数据(和临床批准的突变试验)来自Genetic Testing Registry,序列数据从GenBank中提取,DNA SNP生物标记物的主要来源是数据库GWAS-ROCS,疾病信息从OMIM或Genetics Home Reference中提取,关于微生物/病毒生物标记基因的剩余数据通过原始文献或专利检索获得。目前,MarkerDB中的所有DNA标记都有一个或多个疾病关联,以及MarkerDB ID、序列(标记了疾病变体)、详细的基因描述(编码区范围内)、基因名称/同义词、一个或多个文献参考和到其他在线数据库的外部超链接。核型生物标志物MarkerDB共有154个核型标记或核型图,与47种不同的疾病/状况相关。MarkerDB中的所有核型生物标记物数据都是从原始文献中提取的,包括肿瘤学和血液学中的遗传学和细胞遗传学图谱,以及人类不平衡染色体畸变目录。目前,MarkerDB中的所有核型标记都有一个或多个疾病关联,以及MarkerDB ID、标记的独特图谱或核型图(显示与疾病核型相邻的正常核型)、核型的简短描述、疾病关联、一个或多个相关基因的文献参考和超链接。MarkerDB布局和导航图1 MarkerDB界面截图(图片来源PMID:33245771)用户可以通过高级搜索功能按条件、条件类别、生物标志物类型、生物标志物类别浏览数据或按序列相似性搜索数据。页面上有九个超级形象的图标,对应于MarkerDB中的三个通用生物标记浏览选项:(i)按疾病浏览生物标志物,(ii)按分子类型浏览生物标志物和(iii)按目的浏览生物标志物。点击图像得到对应的生物标志物,表中的所有条目都是超链接的,单击条件的名称将生成一个新的表视图,其中显示条件的简短描述以及已知的生物标记物(根据其分子类别分组)和有关生物标记物性能、参考值、文献参考和适用性的详细信息。用户还可以按生物标记目的浏览生物标记“诊断生物标志物”(D)、“预后生物标志物”(P)、“预测生物标志物”(Pre)或“暴露生物标志物”(E)。单击四个图标中的任何一个将生成一个可浏览、可排序的表,该表由四列组成,包括MarkerDB ID、生物标记结构、生物标记名称以及与该生物标记相关的特定条件,允许用户按分子类别(蛋白质、基因、化学物质、核型)过滤生物标记物列表。点击表中的超链接,用户将看到更多关于生物标志物、结构、序列、生物标志物性能和/或疾病的详细信息。高级文本搜索还支持(>20个不同的数据字段类别)、序列(DNA和蛋白质)搜索和结构(化学)搜索。小结MarkerDB是一种新型开放存取的在线生物标志物数据库,为生物标志物目的(诊断、预后、预测和暴露)以及疾病和条件提供了广泛的分子生物标志物(化学、蛋白质、遗传、核型)多样性的覆盖范围和详细信息。但是MarkerDB目前不包含microRNA(miRNA)生物标记物、甲基化(DNA)标记物和转录物(mRNA)生物标记物,治疗、药物不良反应或药物疗效生物标志物,在未来的版本更新中有望加入。MarkerDB界面操作方便,信息量大且全面,有很强的实用性哦,更多的使用价值等待你的发现! 赞 (0) 相关推荐 Hum Reprod:精子生物标记物有助于预测生育率 来源:本站原创 2020-10-08 00:49 2020年10月8日讯/生物谷BIOON/---在最近一项研究中,马萨诸塞州大学阿默斯特分校的研究人员已经在精子线粒体DNA中鉴定了一种单指标生物标志 ... 每个基因都有编码区和非编码区吗? 如题~谢谢~ 分享举报3个回答#热议# 00后是否面临着比90后更严峻的就业危机?7192705222019-06-08 · TA获得超过2.8万个赞关注展开全部每个基因中都有编码区与非编码区.基因是 ... 易基因 - 精准医学:血液生物标志物在胰腺癌鉴定诊断和早期发现中的应用|早期筛查 易点评 胰腺癌早期通常没有症状,当症状出时,提示癌细胞已经发生转移,此时进行临床治疗已经失去了最佳治疗时期.因此胰腺癌的早期筛查十分重要,而液体活检是一种快速.简便的癌症血液检测方法,主要包括血浆游离 ... 精准医学:粪便DNA甲基化标志物在大肠癌分期及其先兆诊断中的应用|早期筛查 易点评 在精准医学系列文章中我们介绍过有关血液中甲基化标志物在大肠癌复发监测中的应用,今天则为大家带来一篇关于粪便甲基化标志物在大肠癌早期筛查中应用的综述.在这篇综述中作者调研了2020年1月之前发表 ... 秘制炸酱面!别说我没告诉你,面条这么做 好吃到哭!超浓郁!好吃到爆炸的老北京炸酱面!今天和小伙伴分享一道超级好吃的老北京炸酱面,面条裹上满满的肉沫,散发的香味太绝了,再配上清爽的黄瓜丝,油而不腻!实在太解馋了! 食材 面条.黄瓜丝适量.五花 ... 小米为什么开始做游戏手机了?卢伟冰没告诉你的,我来告诉你 卢伟冰宣布,红米K40游戏增强版直接首批预售货源售罄了,虽说不知道具体的备货量有没有10万台?看起来确实还是蛮火爆的.毕竟1999元的定价,比同行们的游戏手机价格便宜了一两千元,这对于喜欢玩游戏的年轻 ... 饭后一小时,千万别做这8件事!别怪我没告诉你 导读 想一想饭后你都爱干些什么?立即吃水果.吸烟,还是喝茶?饭后我们总是习惯性地去做一些本不应该做的事情,而且在不知不觉中严重影响着身体健康. 1.饭后吃水果 现象:很多人都喜欢饭后吃点水果,认为能够 ... 做科研没人带,到底有多惨? 做科研没人带,遇不到好导师,或者拿不到好项目,这些在目前的我国学术界,都并不是什么罕见的现象. △对于研究生来说,好不容易上岸成功,导师却只给项目不管带,自己摸索却不知如何开始.从何下手-- △甚至开 ... 养肺别只知道做银耳汤!常吃它润肺又止咳,别说我没告诉你 | 暖粉点餐 暖粉点餐 暖粉点餐是暖暖为百万暖粉专门设置的"点餐环节",在文章评论区留言[菜品名称]或者[你的点餐需求]即可.暖暖会根据大家的留言,在下期推文里安排对应的菜谱哦~ 前几天,北京沙 ... 别说我没告诉你,50万做全球一线城市的房东,只有这里可以 ◎掘金日本房产(ID:Japan_gold)| DJ 版权声明:本文首发于掘金日本房产(ID:Japan_gold),为原创作品,其他公众号转载此文时,需在正文前署作者名.标来源,并同时转载文末二维码 ... 倒立入门,没那么麻烦!过来人告诉你该怎么做 倒立,可以说是非常经典的动作技能,很多运动或者竞技型项目,都会有倒立的身影. 当然,大部分普通爱好者练习倒立还是为了炫酷,嘿嘿. 那么,今天我们就简单聊一下关于倒立的入门,你需要做什么,了解什么. 1 ... 学霸一定没告诉你,数学成绩取决于这10个做题思路 数学基础打得好,对将来的升学也有较大帮助.但是数学的学习比较抽象,小学生在学习 过程中会碰到一些 "拦路虎",掌握一些方法,这些就都不怕了. 对应思想方法 对应是人们对两个集合因素 ... 都在告诉你别教孩子技法性的画画,却没人教你该怎么做! 以往写干货文时,群里讨论最多的是, 看完文章,脑子大概会了,所以该买什么产品? Ps,为啥都是在群里聊?因为公号开的晚,没有留言功能. 今天我们这一篇就直接的来聊一聊,艺术启蒙,可以买哪些实用有趣的美 ...