一大波CNS级别单细胞文章等你来读

眨眼睛我们单细胞天地又持续输出了一年，但是我们团队毕竟不是科研服务公司，没有人付费养着我们做研发。所以现有团队实在是时间和精力实在是有限，尤其是单细胞领域高速飞奔，CNS文章发表的速度远超我们能提供的详细解读速度！

我们团队收集整理了2G的单细胞文献PDF文件，但是各种云盘总是封杀这样的资源链接，我们也很难办。

所以呢，希望把这些文献分享给真正有需要的人。你只需要按照我们的文献领读要求，解读任意一篇单细胞相关文章，并且发邮件给我，就可以拿到全部的2G的单细胞文献PDF文件啦！我的邮箱是：[e-mail]

其实我们是想招募文献分享创作者啦，你懂的！

文献领读分享标准

首先必须要有文章发表于年份，以及杂志，标题 这样的开头

然后是摘要

使用哪种单细胞转录组技术，测下多少个样品，多少个细胞
重点发现是什么（细胞亚群，还是特殊通路）

正文5个重点

首先是样品，建库测序，RNA-seq上游分析概况

然后是质量控制情况，最后的表达矩阵是多少个基因多少个细胞

接着介绍作者是如何挑选重要的基因和降维

降维后的聚类以及对每个类的注释

类的下游分析(差异分析或者实验验证等)

最后总结一下

这个研究的发现了什么，意义是什么。点出它的特色。

我们收集的文献有

A developmental landscape of 3D-cultured human pre-gastrulation embryos.

• PMID：31830756

• 发表期刊：Nature

• 影响因子：43.07

Multi-omics profiling of mouse gastrulation at single-cell resolution.

• PMID：31827285

• 发表期刊：Nature

• 影响因子：43.07

• 发表时间：2019 Dec 11

A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart.

• PMID：31835037

• 发表期刊：Cell.

• 影响因子：36.216

• 发表时间：2019 Dec 12

Single-cell multiomic analysis identifies regulatory programs in mixed-phenotype acute leukemia.

• PMID：31792411

• 发表期刊：Nat Biotechnol

• 影响因子：31.864

• 发表时间：2019 Dec 2

Immune profiling of human tumors identifies CD73 as a combinatorial target in glioblastoma.

• PMID：31873309

• 发表期刊：Nat Med

• 影响因子：30.641

• 发表时间：2019 Dec 23

Single cell transcriptome analysis reveals disease-defining T cell subsets in the tumor microenvironment of classic Hodgkin lymphoma.

• PMID：31857391

• 发表期刊：Cancer Discov

• 影响因子：26.37

• 发表时间：2019 Dec 19

Loss of ADAMTS19 causes progressive non-syndromic heart valve disease.

• PMID：31844321

• 发表期刊：Nat Genet

• 影响因子：25.455

• 发表时间：2019 Dec 16

CD4+ T Cell Help Is Required for the Formation of a Cytolytic CD8+ T Cell Subset that Protects against Chronic Infection and Cancer.

• PMID：31810883

• 发表期刊：Immunity

• 影响因子：21.522

• 发表时间：2019 Dec 17

Hic1 Defines Quiescent Mesenchymal Progenitor Subpopulations with Distinct Functions and Fates in Skeletal Muscle Regeneration.

• PMID：31809738

• 发表期刊：Cell Stem Cell.

• 影响因子：21.464

• 发表时间：2019 Dec 5

Design and application of single-cell RNA sequencing to study kidney immune cells in lupus nephritis.

• PMID：31853010

• 发表期刊：Nat Rev Nephrol

• 影响因子：19.684

• 发表时间：2019 Dec 18

Using single-cell technologies to map the human immune system - implications for nephrology.

• PMID：31831877

• 发表期刊：Nat Rev Nephrol.

• 影响因子：19.684

• 发表时间：2019 Dec 12

The power of one: advances in single-cell genomics in the kidney.

• PMID：31819231

• 发表期刊：Nat Rev Nephrol.

• 影响因子：19.684

• 发表时间：2019 Dec 9

Genetic predisposition to mosaic Y chromosome loss in blood.

• PMID：31748747

• 发表期刊：Nature

• 影响因子：43.07

• 发表时间：2019 Nov 20

In vitro culture of cynomolgus monkey embryos beyond early gastrulation.

• PMID：31672918

• 发表期刊：Science

• 影响因子：41.037

• 发表时间：2019 Nov 15

Modeling the Evolution of Human Brain Development Using Organoids.

• PMID：31778651

• 发表期刊：Cell

• 影响因子：36.216

• 发表时间：2019 Nov 27

B Cells and T Follicular Helper Cells Mediate Response to Checkpoint Inhibitors in High Mutation Burden Mouse Models of Breast Cancer.

• PMID：31730857

• 发表期刊：Cell

• 影响因子：36.216

• 发表时间：2019 Nov 14

Clonal Decomposition and DNA Replication States Defined by Scaled Single-Cell Genome Sequencing.

• PMID：31730858

• 发表期刊：Cell

• 影响因子：36.216

• 发表时间：2019 Nov 14

Genetic Identification of Vagal Sensory Neurons That Control Feeding

• PMID：31730854

• 发表期刊：Cell

• 影响因子：36.216

• 发表时间：2019 Nov 14

Clonally Expanded T Cells Reveal Immunogenicity of Rhabdoid Tumors.

• PMID：31708437

• 发表期刊：Cancer Cell

• 影响因子：23.916

• 发表时间：2019 Nov 7

Single-Cell RNA Sequencing Resolves Spatiotemporal Development of Pre-thymic Lymphoid Progenitors and Thymus Organogenesis in Human Embryos

• PMID：31604687

• 发表期刊：Immunity

• 影响因子：21.522

• 发表时间：2019 Nov 19

A single-cell atlas of entorhinal cortex from individuals with Alzheimer's disease reveals cell-type-specific gene expression regulation.

• PMID：31768052

• 发表期刊：Nat Neurosci

• 影响因子：21.126

• 发表时间：2019 Nov 25

Mapping microglia states in the human brain through the integration of high-dimensional techniques.

• PMID：31740814

• 发表期刊：Nat Neurosci

• 影响因子：21.126

• 发表时间：2019 Nov 18

A Tppp3+Pdgfra+ tendon stem cell population contributes to regeneration and reveals a shared role for PDGF signalling in regeneration and fibrosis.

• PMID：31768046

• 发表期刊：Nat Cell Biol

• 影响因子：17.728

• 发表时间：2019 Nov 25

Organoid single-cell genomic atlas uncovers human-specific features of brain development.

• PMID：31619793

• 发表期刊：Nature.

• 影响因子：43.07

• 发表时间：2019 Oct 16

Dissecting primate early post-implantation development using long-term in vitro embryo culture.

• PMID：31672917

• 发表期刊：Science.

• 影响因子：41.037

• 发表时间：2019 Oct 31

Spatiotemporal immune zonation of the human kidney.

• PMID：31604275

• 发表期刊：Science.

• 影响因子：41.037

• 发表时间：2019 Sep 27

Landscape and Dynamics of Single Immune Cells in Hepatocellular Carcinoma.

• PMID：31675496

• 发表期刊：Cell.

• 影响因子：36.216

• 发表时间：2019 Oct 31

Generation of Blastocyst-like Structures from Mouse Embryonic and Adult Cell Cultures.

• PMID：31626770

• 发表期刊：Cell.

• 影响因子：36.216

• 发表时间：2019 Oct 17

Multimodal Analysis of Cell Types in a Hypothalamic Node Controlling Social Behavior.

• PMID：31626771

• 发表期刊：Cell.

• 影响因子：36.216

Locally instructed CXCR4hi neutrophils trigger environment-driven allergic asthma through the release of neutrophil extracellular traps.

• PMID：31591573

• 发表期刊：Nat Immunol.

• 影响因子：23.53

• 发表时间：2019 Oct 7

Single Cell Sequencing of Mouse Heart Immune Infiltrate in Pressure Overload-Driven Heart Failure Reveals Extent of Immune Activation.

• PMID：31661975

• 发表期刊：Circulation.

• 影响因子：23.054

• 发表时间：2019 Oct 30

Transcriptional Atlas of Intestinal Immune Cells Reveals that Neuropeptide α-CGRP Modulates Group 2 Innate Lymphoid Cell Responses.

• PMID：31618654

• 发表期刊：Immunity.

• 影响因子：21.522

• 发表时间：2019 Oct 15

TCF-1-Centered Transcriptional Network Drives an Effector versus Exhausted CD8 T Cell-Fate Decision.

• PMID：31606264

• 发表期刊：Immunity.

• 影响因子：21.522

• 发表时间：2019 Oct 7

Single-Cell RNA Sequencing Resolves Spatiotemporal Development of Pre-thymic Lymphoid Progenitors and Thymus Organogenesis in Human Embryos.

• PMID：31604687

• 发表期刊：Immunity.

• 影响因子：21.522

• 发表时间：2019 Oct 3

In vivo CRISPR screening in CD8 T cells with AAV–Sleeping Beauty hybrid vectors identifies membrane targets for improving immunotherapy for glioblastoma

• PMID：31548728

• 发表期刊：Nat Biotechnol.

• 影响因子：31.864

• 发表时间：2019 Sep 23

The phenotypes of proliferating glioblastoma cells reside on a single axis of variation.

• PMID：31554641

• 发表期刊：Cancer Discov.

• 影响因子：26.37

• 发表时间：2019 Sep 25

Data denoising with transfer learning in single-cell transcriptomics.

• PMID：31471617

• 发表期刊：Nat Methods.

• 影响因子：28.467

A pooled single-cell genetic screen identifies regulatory checkpoints in the continuum of the epithelial-to-mesenchymal transition.

• PMID：31477929

• 发表期刊：Nat Genet.

• 影响因子：25.455

Activation of Hedgehog Signaling Promotes Development of Mouse and Human Enteric Neural Crest Cells, Based on single-cell Transcriptome Analyses.

• PMID：31442438

• 发表期刊：Gastroenterology.

• 影响因子：19.233

• 发表时间：2019 Aug 20

Interleukin 1 beta and Matrix Metallopeptidase 3 Contribute to Development of EGFR-dependent Serrated Polyps in Mouse Cecum

• PMID：31470007

• 发表期刊：Gastroenterology.

• 影响因子：19.233

• 发表时间：2019 Aug 27

Single-cell transcriptional analyses of spasmolytic polypeptide-expressing metaplasia arising from acute drug injury and chronic inflammation in the stomach.

• PMID：31481545

• 发表期刊：Gut.

• 影响因子：17.943

• 发表时间：2019 Sep 3

A large pool of actively cycling progenitors orchestrates self-renewal and injury repair of an ectodermal appendage.

• PMID：31481792

• 发表期刊：Nat Cell Biol

• 影响因子：17.728

• 发表时间：2019 Sep

Diversification and CXCR4-Dependent Establishment of the Bone Marrow B-1a Cell Pool Governs Atheroprotective IgM Production Linked To Human Coronary Atherosclerosis

• PMID：31549940

• 发表期刊：Circ Res.

• 影响因子：15.862.

Reconstituting the transcriptome and DNA methylome landscapes of human implantation

• PMID：31435013

• 发表期刊：Nature

• 影响因子：43.07

• 发表时间：2019 Aug 21

Conserved cell types with divergent features in human versus mouse cortex

• PMID：31435019

• 发表期刊：Nature

• 影响因子：43.07

• 发表时间：2019 Aug 21

Locally renewing resident synovial macrophages provide a protective barrier for the joint

• PMID：31391580

• 发表期刊：Nature

• 影响因子：43.07

• 发表时间：2019 Aug 07

Clonal replacement of tumor-specific T cells following PD-1 blockade

• PMID：31359002

• 发表期刊：Nat Med

• 影响因子：30.641

Atheroprotective roles of smooth muscle cell phenotypic modulation and the TCF21 disease gene as revealed by single-cell analysis

• PMID：31359001

• 发表期刊：Nat Med

• 影响因子：30.641

• 发表时间：2019 Jul 29

Molecular mechanisms of lineage decisions in metabolite-specific T cells.

• PMID：31431722

• 发表期刊：Nat Immunol.

• 影响因子：23.53

• 发表时间：2019 Aug 20

An Nfil3-Zeb2-Id2 pathway imposes Irf8 enhancer switching during cDC1 development

• PMID：31406377

• 发表期刊：Nat Immunol

• 影响因子：23.53

• 发表时间：2019 Aug 12

Single-Cell Survey of Human Lymphatics Unveils Marked Endothelial Cell Heterogeneity and Mechanisms of Homing for Neutrophils

• PMID：31402260

• 发表期刊：Immunity

• 影响因子：21.522

• 发表时间：2019 Aug 01

Defining the Identity and Dynamics of Adult Gastric Isthmus Stem Cells

• PMID：31422913

• 发表期刊：Cell Stem Cell

• 影响因子：21.464

• 发表时间：2019 Aug 08

Single-cell analysis of cardiogenesis reveals basis for organ-level developmental defects.

• 发表期刊：Nature.

• 影响因子：43.07

• PMID：31341279

• 发表时间：2019 Jul 24

RNA sequencing: the teenage years.

• 发表期刊：Nat Rev Genet.

• 影响因子：43.07

• PMID：31341269

• 发表时间：2019 Jul 24

Neuronal vulnerability and multilineage diversity in multiple sclerosis.

• 发表期刊：Nature.

• 影响因子：43.07

• PMID：31316211

• 发表时间：2019 Jul 17

A human liver cell atlas reveals heterogeneity and epithelial progenitors.

• 发表期刊：Nature.

• 影响因子：43.07

• PMID：31292543

• 发表时间：2019 Jul 10

scSLAM-seq reveals core features of transcription dynamics in single cells.

• 发表期刊：Nature.

• 影响因子：43.07

• PMID：31292545

• 发表时间：2019 Jul 10

Single-cell analysis reveals T cell infiltration in old neurogenic niches.

• 发表期刊：Nature.

• 影响因子：43.07

• PMID：31270459

• 发表时间：2019 Jul 03

Neutrophils Driving Unconventional T Cells Mediate Resistance against Murine Sarcomas and Selected Human Tumors.

• 发表期刊：Cell.

• 影响因子：36.216

• PMID：31257026

• 发表时间：2019 Jul 11

An Integrative Model of Cellular States, Plasticity, and Genetics for Glioblastoma.

• 发表期刊：Cell

• 影响因子：36.216

• PMID：31327527

• 发表时间：2019 Jul 9

Epigenomics and Single-cell Sequencing Define a Developmental Hierarchy in Langerhans Cell Histiocytosis.

• 发表期刊：Cancer Discov.

• 影响因子：26.37

• PMID：31345789

• 发表时间：2019 Jul 25

Generation of Human PSC-Derived Kidney Organoids with Patterned Nephron Segments and a De Novo Vascular Network.

• 发表期刊：Cell Stem Cell.

• 影响因子：21.464

• PMID：31303547

Cellular crosstalk in the development and regeneration of the respiratory system

• 发表期刊：NAT Rev Mol cell Biol

• 影响因子：43.351

• PMID：31217577

• 发表时间：2019 Jun 19

Individual brain organoids reproducibly form cell diversity of the human cerebral cortex

• 发表期刊：Nature

• 影响因子：43.07

• PMID：31168097

• 发表时间：2019 Jun 05

Obesity remodels activity and transcriptional state of a lateral hypothalamic brake on feeding

• 发表期刊：Science

• 影响因子：41.037

• PMID：31249056

• 发表时间：2019 Jun 28

Cross-species single-cell analysis of pancreatic ductal adenocarcinoma reveals antigen-presenting cancer-associated fibroblasts

• 发表期刊：Cancer Discov

• 影响因子：26.37

• PMID：31197017

• 发表时间：2019 Jun 13

The immune cell landscape in kidneys of patients with lupus nephritis

• 发表期刊：Nat Immunol

• 影响因子：23.53

• PMID：31209404

• 发表时间：2019 Jun 17

Transcriptional dynamics of pluripotent stem cell-derived endothelial cell differentiation revealed by single-cell RNA sequencing

• 发表期刊：Eur Heart J

• 影响因子：23.239

• PMID：31242503

• 发表时间：2019 Jun 26

Single Cell Analysis of the Normal Mouse Aorta Reveals Functionally Distinct Endothelial Cell Populations

• 发表期刊：Circulation

• 影响因子：23.054

• PMID：31146585

• 发表时间：2019 May 31

Single-Cell RNA Sequencing of the T Helper Cell Response to House Dust Mites Defines a Distinct Gene Expression Signature in Airway Th2 Cells

• 发表期刊：Immunity

• 影响因子：21.522

• PMID：31231035

• 发表时间：2019 Jun 14

Sensory lesioning induces microglial synapse elimination via ADAM10 and fractalkine signaling.

• 发表期刊：Nat Neurosci

• 影响因子：21.126

• PMID：31209379

• 发表时间：2019 Jun 17

Single-cell genomics identifies cell type-specific molecular changes in autism.

• PMID：31097668

• 发表期刊：Science

• 影响因子：41.058

• 发表时间：2019-5-17

Identification of a regeneration-organizing cell in the Xenopus tail.

• PMID：31097661

• 发表期刊：Science

• 影响因子：41.058

• 发表时间：2019-5-17

Temporal patterning of apical progenitors and their daughter neurons in the developing neocortex.

• PMID：31073041

• 发表期刊：Science

• 影响因子：41.058

• 发表时间：2019-5-10

A Cellular Taxonomy of the Bone Marrow Stroma in Homeostasis and Leukemia.

• PMID：31130381

• 发表期刊：Cell

• 影响因子：31.398

• 发表时间：2019-5-23

Adaptive Immune Resistance Emerges from Tumor-Initiating Stem Cells

• PMID：31031009

• 发表期刊：cell

• 影响因子：31.398

• 发表时间：2019-4-25

Mechanisms of lymphoma clearance induced by high-dose alkylating agents

• PMID：31040105

• 发表期刊：Cancer discovery

• 影响因子：24.373

• 发表时间：2019-4-30

Single-Cell Analysis of the Liver Epithelium Reveals Dynamic Heterogeneity and an Essential Role for YAP in Homeostasis and Regeneration.

• PMID：31080134

• 发表期刊：Cell Stem Cell

• 影响因子：23.29

• 发表时间：2019-5-1

YAP, but Not RSPO-LGR4/5, Signaling in Biliary Epithelial Cells Promotes a Ductular Reaction in Response to Liver Injury.

• PMID：31080135

• 发表期刊：Cell Stem Cell

• 影响因子：23.29

• 发表时间：2019-5-7

Defining inflammatory cell states in rheumatoid arthritis joint synovial tissues by integrating single-cell transcriptomics and mass cytometry.

• PMID：31061532

• 发表期刊：nature immunology

• 影响因子：21.809

• 发表时间：2019-5-6

A single-cell atlas of mouse brain macrophages reveals unique transcriptional identities shaped by ontogeny and tissue environment.

• PMID：31061494

• 发表期刊：nature neuroscience

• 影响因子：19.912

• 发表时间：2019-5-6

HBEGF+ macrophages in rheumatoid arthritis induce fibroblast invasiveness.

• PMID：31068444

• 发表期刊：SCI Transl Med

• 影响因子：16.71

• 发表时间：2019-5-8